R 语言计算生态位指数

Python010

R 语言计算生态位指数,第1张

生态位宽度(Bi)采用Colwell等(1971)加权修正的Levins指数

式中,Bi为物种i的生态位宽度值,其范围在[0-1]之间,值越大说明该物种生态位宽度越宽;Pij为物种i在第j资源状态下的个体数占该种所有个体数的比例,r为资源总数。

生态位重叠指数  生态位重叠指数采用Pianka指数(Pianka et al ., 1973):

式中, Oik 为物种i与物种k的生态位重叠指数,其值越大表示生态位重叠程度越高,取值范围为[0,1];Pij为物种i利用资源状态 j 的个体数占该种个体总数的比例,r为资源(季节或样点)的总数;Pkj为物种k利用资源状态j的个体数占该种个体总数的比例。 R 表示生态响应速率。

下面我们进行R语言操作:

library(spaa) ##加载包

df1=read.csv("物种丰度.csv") #读取丰度数据

这里的丰度数据为:行为样本,列为物种;

(1)计算生态位宽度:levins指数

b=as.data.frame(niche.width(df1, method ="levins")) #计算生态位宽度

colnames(b)="levins" #重新命名

由于spaa包中的niche.width()函数是没有/r的,如图一,公式中,因此继续用"levins"/r,(r为样点总个数)

b$levins1=b$levins/nrow(df1)   #计算加权的levins生态位指数,既公式一(图一)的生态位指数

参考文献:

Colwell RK, Futuyma DJ. 1971. On the measurement of Niche Breadth and Overlap. Ecology, 52(4): 567-576.

R编程语言在数字分析与机器学习领域已经成为一款重要的工具。随着机器逐步成为愈发核心的数据生成器,该语言的人气也必然会一路攀升。不过R语言当然也拥有着自己的优势与缺点,开发人员只有加以了解后才能充分发挥它的强大能力。

R语言随时间推移正呈现出愈发迅猛的发展态势,并成为能够将不同数据集、工具乃至软件包结合在一起的胶水型语言,R语言是创建可重复性及高质量分析的最佳途径。它拥有数据处理所必需的一切灵活性及强大要素

R语言拥有强大的软件包生态系统与图表优势,R语言的优势主要体现在其软件包生态系统上。庞大的软件包生态系统无疑是R语言最为突出的优势之一,其中内置有大量专门面向统计人员的实用功能,R语言具备可扩展能力且拥有丰富的功能选项,帮助开发人员构建自己的工具及方法,从而顺利实现数据分析,人们能够在无需申请权限的前提下对其进行扩展。,它最大的优势就是以自由软件的姿态出现。其源代码以及所有一切都可供,R语言在图形及图表方面的一切能够都是“无与伦比”的。

R的短板在于安全性与内存管理。说了这么多优势,R语言当然也存在着一定不足。内存管理、速度与效率可能是R语言面临的几大最为严峻的挑战,在这方面,人们仍然需要努力推动,而且也确实正在推动其进展与完善。R语言在设计思路上太太古老。这种语言的设计局限有时候会令大规模数据集处理工作遇到难题,此外,R语言无法被嵌入到网络浏览器当中,我们不能利用它开发Web类或者互联网类应用程序。再有,我们基本上没办法利用R语言当作后端服务器执行计算任务,因为它在网络层面缺乏安全性保障,长久以来,R语言当中始终缺少充足的交互元素。

R语言并不单纯面向高端程序员,我甚至并不认为R语言只适用于程序员。它非常适合那些面向数据并试图解决相关问题的用户,无论他们的实际编程能力如何

R语言的软件包涉及领域非常广,包括社会网络分析,统计,绘图,自然语言处理,生物相关统计等等,而它们共用一套R语言的语法和语义规则,学了R,可以免去学spss,matalab,ucinet等等众多的软件,可以减少不少的学习时间,前景应该不错