R | GO富集结果描述太长怎么办?

Python09

R | GO富集结果描述太长怎么办?,第1张

近期在使用 clusterProfiler 的GO/KEGG富集结果进行绘图时,注意到一些条目的描述过于长,需要增加图片的宽度才能看到中间bar/dot的信息。利用 DOSE 包中的数据进行如下展示

左侧注释信息太长导致中间bar的部分被压缩得难以比较,zoom虽然可以解决这个问题,但我还是希望有一个方法可以调整左侧字符,使得中间bar的部分在整张图内的占比更为合理。

因此,在网上搜索到的解决字符太长的方法如下:

可以使用 str_wrap() 函数调整每行字符的长度。

同样, dotplot 也可以作如上的调整

完。

在做基因富集时,有些通路特别长,以至于使图片的大小不好控制,这种情况可以用stringr包的str_wrap来完成文本自动换行。如使用clusterProfiler的barplot时,因为clusterProfiler是基于ggplot2,所以更改ggplot中scale_x_discrete或者scale_y_discrete

效果图:

如果是dotplot则需要改变scale_y_discrete

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参考:

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5NjUyNzkxMg==&mid=2247483972&idx=1&sn=fa1f4b6299f94eeb52baf5bda6a5ff6b&chksm=ec43b303db343a150806b3b1ab22a1df1c90405235bb399b155f7c50de2a0a23faf2f4ad0beb#rd

https://stackoverflow.com/questions/21878974/auto-wrapping-of-labels-via-labeller-label-wrap-in-ggplot2