转录组分析流程概述

Python017

转录组分析流程概述,第1张

转录组分析总体流程如图所示，主要分为上游分析（原始数据质量控制、比对、组装、定量），下游分析（差异分析、富集分析）和高级分析（共表达分析、GSEA、时序性分析等）。整个流程图左侧为结构分析（SNV分析、可变剪切分析、差异外显子分析（DEU）及新转录本鉴定），右侧主要为基因表达分析。

随后的文章都是使用GSE176393（SRP323246）进行。

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转录组测序是RNA水平测序，相当于DNA水平的基因组测序，是一个框架。表达谱主要研究的是基因表达量的变化，上调或下降。先要有转录组或是基因组才可以做表达谱，否则没有Ref做参考。

转录组测序和表达谱其实都是通过高通量测序技术进行的，转录组测序主要是针对没有参考基因组（即基因组未完成测序）的物种，侧重于获得你材料的全部转录组信息；而表达谱则侧重于检测各个基因的表达量。