china <- read.table("F:\\2008年我国其中31个省、市和自治区的农村居民家庭平均每人全年消费性支出.txt",header=TRUE)
distance <- dist(china) #计算距离
china.hc <- hclust(distance) #聚类分析,最长距离法
plot(china.hc, hang = -1) #绘画系谱图
re <- rect.hclust(china.hc, k = 5) #分为5类
re
for (i in 1:5) {
print(paste("第",i,"类"))
print(china[re[[i]],]$地区)
，即主坐标分析（Principal Coordinates Analysis），是一种 用于研究样本微生物群落组成相似性或差异性 的数据降维分析方法。PC1 和PC2 是两个主坐标成分，图中每个点代表一个样本，点的颜色代表样本的分组，样本间的距离越近代表微生物群落结构越相似。图中圆圈一般是置信水平为95%时的置信椭圆，用于比较组间的群落结构组成相似性。
计算β多样性指数需要用到phyloseq包。它的安装方式不同于简单的install.packages（“phyloseq”）
有两种方法可以安装
1.先安装BiocManager
install.packages("BiocManager")
library("BiocManager")
BiocManager::install("phyloseq")
library("phyloseq")
2.source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("phyloseq")
#安装phyloseq
library("phyloseq")
安装并加载了phyloseq包后，开始读取数据，前面计算α多样性，用到的是read.table……
qiimedata <- import_qiime(otufilename = "feature-table.taxonomy.txt", mapfilename = "mapping_file.txt", treefilename = "tree.rooted.nwk", refseqfilename = "dna-sequences.fasta")
#读取数据，参数都是文件名，注意加后缀
#otufilename指定out表格，mapfilename指定map文件（分组数据)
#treefilename指定有根进化树文件
#refseqfilename指定代表序列文件
otu<-qiimedata@[email protected]
#从qiimedata里面提取otu
sum_of_otus<-colSums(t(otu))
#t_转置,colsums计算列的和,即计算各个otu检测到的总序列数，为了筛掉一些总序列数过低的otu（可能是测序错误）
sum_of_otus
#查看otu总序列数
selected_otu<-names(sum_of_otus)[sum_of_otus>10]
#获取总序列数大于10的otu id
sub_qiimedata <- prune_taxa(selected_otu, qiimedata)
#筛选总序列数大于10的otu的phyloseq数据
weighted_unifrac<-distance(sub_qiimedata,method = 'wunifrac')
#计算样本间加权unifrac
unweighted_unifrac<-distance(sub_qiimedata,method = 'unifrac')
#计算样本间非加权unifrac
bray_curtis <- distance(sub_qiimedata, method='bray')
write.table(as.matrix(bray_curtis),"bray_curtis.txt",sep = '\t',quote = FALSE,col.names = NA)
#保存距离矩阵
#计算样本间Bray-Curtis距离矩阵，method 可选" wunifrac ", " unifrac " ，"jaccard"等
pcoa_of_bray_curtis<-ordinate(physeq=sub_qiimedata,distance = 'bray',method = "PCoA")
#基于Bray-Curtis距离矩阵的PCoA排序分析
p<-plot_ordination(sub_qiimedata, pcoa_of_bray_curtis, type="samples", color="Group1",shape = "Group1")
#将PCoA排序分析结果可视化
library("ggplot2")
p<-p+ scale_colour_manual(values=c("#DC143C","#808000","#00CED1")) + geom_point(size=2) +ggtitle("PCoA of Bray-Curtis distance")+theme(text = element_text(size = 15))
#修改图形大小,ggtitle加标题,stat_ellipse加椭圆
#用scale_colour_manual(values=c())自定义颜色，可查颜色的16进制对照表
p
nmds_of_bray_curtis<-ordinate(physeq=sub_qiimedata,distance = 'bray',method = "NMDS")
#基于Bray-Curtis距离矩阵的NMDS排序分析
p1<-plot_ordination(qiimedata, nmds_of_bray_curtis, type="samples", color="Group1")
#将NMDS排序分析结果可视化
# color=“Group1”指定不同分组的点染不同颜色
p1
p1<-p1+ geom_point(size=3) +ggtitle("NMDS of Bray-Curtis distance") + stat_ellipse()+theme(text = element_text(size = 15))
#对图片进行适当修饰， stat_ellipse()加椭圆， ggtitle()加标题
ggsave(plot = p1,“nmds_of_bary_curtis.pdf",dpi = 300,width
PCoA中的两个点距离，接近β多样性指数
PCA(Principal Components Analysis)即主成分分析，也称主分量分析或主成分回归分析法，首先利用线性变换，将数据变换到一个新的坐标系统中然后再利用降维的思想，使得任何数据投影的第一大方差在第一个坐标(称为第一主成分)上，第二大方差在第二个坐标(第二主成分)上。这种降维的思想首先减少数据集的维数，同时还保持数据集的对方差贡献最大的特征，最终使数据直观呈现在二维坐标系。
PCoA(Principal Co-ordinates Analysis)分析即主坐标分析，可呈现研究数据相似性或差异性的可视化坐标，是一种非约束性的数据降维分析方法，可用来研究样本群落组成的相似性或相异性。它与PCA类似，通过一系列的特征值和特征向量进行排序后，选择主要排在前几位的特征值，找到距离矩阵中最主要的坐标，结果是数据矩阵的一个旋转，它没有改变样本点之间的相互位置关系，只是改变了坐标系统。两者的区别为PCA是基于样本的相似系数矩阵(如欧式距离)来寻找主成分，而PCoA是基于距离矩阵(欧式距离以外的其他距离)来寻找主坐标。
NMDS图中两个点的距离的排序，接近β多样性指数的排序
