本系列课程要求大家有一定的R语言基础,对于完全零基础的同学,建议去听一下师兄的《生信必备技巧之——R语言基础教程》。本课程将从最基本的绘图开始讲解,深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等。
本次课程所用的配套书籍是: 《R Graphic Cookbooks》
除了以上的基本图形外,师兄还会给大家讲解箱线图、提琴图、热图、火山图、气泡图、桑基图、PCA图等各种常用的生信图形的绘制,还不赶紧加入收藏夹,跟着师兄慢慢学起来吧!
柱状图可能是最常用的一种数据可视化。它们通常用于显示数值(在y轴上),用于显示不同类别的数值(在x轴上)。例如,柱状图可以用来显示四种不同商品的价格。柱状图通常不适合显示一段时间内的价格,因为时间是一个连续的变量。
在制作柱状图时,您应该注意一个重要的区别:柱状图的高度有时表示数据集中的案例数,有时表示数据集中的值。记住这一区别——这可能会引起混淆,因为它们与数据的关系非常不同,但两者使用相同的术语。
拓展: position参数: 此处的position主要是指对图像的微调,最常见的应用是在分组的柱形图(bar)中,因为分组的柱形图会产生组内堆积和不堆积两种主要效果。
给你一些代码,你慢慢研究:install.packages('ggplot2')
library(ggplot2)
ggplot(a)+geom_bar(aes(x1,y,fill/col=x1/x2),position='dodge',stat='summary',fun='sum'/'mean')条形图+theme(text = element_text(family='Kai'))
ggplot(a)+geom_boxplot(aes(x1,y,col=x1/x2))箱线图
ggplot(a)+geom_point(aes(x1,y,col=x1/x2),position=position_jitter(width=0.04))散点图
1+geom_point(aes(x1,y,col=x1/x2),stat='summary',fun='sum'/'mean')+散点
2+geom_line(aes(x1,y,group=1/x2,col=x1/x2),stat='summary',fun='sum'/'mean')+折线
3+geom_errorbar(aes(x=x1,ymin=y-se,ymax=y+se,col=x1/x2),position=position_dodge(0.9),width=0.2)+误差棒
4+geom_text(aes(x1,y,label=marker,col=x1/x2),position=position_dodge(0.9)vjust=2或y+2)+显著字母
ggplot(a,aes(x1,y,fill/col=x1/x2))+geom_bar(position='dodge',stat='summary',fun='sum'/'mean')+geom_errorbar(aes(ymin=y-se,ymax=y+se),position=position_dodge(0.9),width=0.2)+geom_text(aes(label=marker),position=position_dodge(0.9),vjust=-2)条形图+误差棒+显著字母(坐标写一次即可)
ggplot(a,aes(x1,y,col=x1/x2))+geom_point(position=position_jitter(width=0.04),stat='summary',fun='sum'/'mean')+geom_line(aes(group=1/x2),stat='summary',fun='sum'/'mean')+geom_errorbar(aes(ymin=y-se,ymax=y+se),position=position_dodge(0.9),width=0.2)+geom_text(aes(label=marker),position=position_dodge(0.9),vjust=-2)散点图+折线+误差棒+显著字母(坐标写一次即可)
+geom_density(aes(y=liqi))密度图(1个数值型)
+geom_area(aes(x=tan,y=liqi))区域图(2个数值型)
+geom_smooth(aes(x=tan,y=liqi,group/col=chong),formula=y~x,method='lm',se=F)拟合图,分组/线条颜色(2个数值型)
+facet_wrap(~riqi,ncol/nrow=2,labeller='label_both/value')分面图,每行或每列分面数,分面标题
+xlab('自变量1(单位)')+ylab('因变量(单位)')+scale_fill_discrete(name='自变量2')更改轴和图例名称+coord_cartesian(ylim= c(0,80))限定轴范围
(fill=x1/x2,有此即可变色)+scale_fill_manual(values = c('grey70', 'grey50', 'grey30'))改变条形填充颜色(颜色数量=分组数量)
(col=x1/x2,有此即可变色)+scale_color_manual(values = c('red', 'orange', 'yellow'))改变颜色(颜色数量=分组数量)