工具原料一台电脑下载完毕的R software
方法/步骤分步阅读
1
/5
安装完毕R语言，新建属于自己的R变成文件夹，然后 File ->Change Dir..,设置成自己的工作文件，自己工作空间将都会产生在这个文件夹下。
2
/5
然后Files - >New Script，打开新的脚本编辑，在这里键入自己代码，编辑。
在此模式下，摁F5键意味着执行这一行，当我们编辑很多行的时候，我们可以进行全选，然后摁下F5，这样就会执行所有行的代码。
3
/5
下面进行实战，我们下面将会用R语言画出一个简单房子，具体的代码含义不解释，推荐Manning出版的《R语言实战》，里面有大量的联系及讲解。
4
/5
选中，然后执行F5按键，R语言就会画出一个简单的房子，具体代码可以参见下图。
5
/5
总之，R语言是一个非常好的统计软件，在生物统计，金融统计中发挥着越来越多的作用，同时R语言作为一款开源软件，也被世界的R语言兴趣者优化着。
注意事项
R作为一款免费的软件，有时候即使编正确的情况下，仍然可能出现错误
软件的学习在于多联系
内容仅供参考并受版权保护
《R语言4.0.4软件》百度网盘资源免费下载:
链接: https://pan.baidu.com/s/160twe4ScMvIbGm2TI_sjHw
?pwd=3ts7 提取码: 3ts7R语言4.0.4是一款专业的统计建模软件，与其它建模软件不同的是这款软件完全免费、开源，所以深受大家的青睐。R软件拥有数据存储和处理系统；数组运算工具（其向量、矩阵运算方面功能尤其强大）；完整连贯的统计分析工具；优秀的统计制图等多种功能，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。标准的安装文件身自身就带有许多模块和内嵌统计函数，安装好后可以直接实现许多常用的统计功能。
前言： 仍然是三代测序数据的分析，宏基因组的文章中经常出现聚类热图和物种丰度图，用来直观地识别与某些疾病或者表型相关的菌群构成。
1.读取数据
一共有11个样本，每一个样本的测序reads都经过Nanopore官方的Epi2Me程序鉴定了物种，下表中第一列是被鉴定的菌种，第二列是该样本中每个物种产生的reads数目。
首先导入到R语言中，合并所有样本到一个数据框：
2.绘制热图
经过上一步，我们得到了列名为样本，行名为菌种的reads数据框，然后就可以绘制热图，进行聚类分析了：
绘制结果：
3.绘制物种丰度图
丰度图，其实就是堆积图，把每个样本的reads数目转换为百分数，然后作图就可以了：
绘制结果：
