比较运算：

逻辑运算：

逻辑运算种非的优先级最高，与次之，或最低，即：！（非） → &&（与） → ||（或）

记忆口诀：not（非） and(与） or（或）

运算规则

1）&&：当且仅当两个运算量的值都为"真"时，运算结果为"真"，否则为"假"。

2） || ：当且仅当两个运算量的值都为"假"时，运算结果为"假"，否则为"真"。

3） ! ：当运算量的值为"真"时，运算结果为"假"；当运算量的值为"假"时，运算结果为"真"。

例如，假定x=5，则(x>=0) &&(x<10)的值为"真"，(x<-1) || (x>5)的值为"假"。

运算符是一个符号，通知编译器执行特定的数学或逻辑操作。 R语言具有丰富的内置运算符，并提供以下类型的运算符。

运算符的类型

R语言中拥有如下几种运算符类型：

算术运算符

关系运算符

逻辑运算符

赋值运算符

其他运算符

算术运算符

下表显示了R语言支持的算术运算符。 操作符对向量的每个元素起作用。

运算符 描述 例

关系运算符

下表显示了R语言支持的关系运算符。 将第一向量的每个元素与第二向量的相应元素进行比较。 比较的结果是布尔值。

运算符 描述 例

逻辑运算符

下表显示了R语言支持的逻辑运算符。 它只适用于逻辑，数字或复杂类型的向量。 所有大于1的数字被认为是逻辑值TRUE。

将第一向量的每个元素与第二向量的相应元素进行比较。 比较的结果是布尔值。

运算符 描述 例

& 它被称为元素逻辑AND运算符。 它将第一向量的每个元素与第二向量的相应元素组合，并且如果两个元素都为TRUE，则给出输出TRUE。

v <- c(3,1,TRUE,2+3i)

t <- c(4,1,FALSE,2+3i)

print(v&t)

它产生以下结果 -

TRUE TRUE FALSE TRUE

| 它被称为元素逻辑或运算符。 它将第一向量的每个元素与第二向量的相应元素组合，并且如果元素为真，则给出输出TRUE。

v <- c(3,0,TRUE,2+2i)

t <- c(4,0,FALSE,2+3i)

print(v|t)

它产生以下结果 -

TRUE FALSE TRUE TRUE

! 它被称为逻辑非运算符。 取得向量的每个元素，并给出相反的逻辑值。

v <- c(3,0,TRUE,2+2i)

print(!v)

它产生以下结果 -

FALSE TRUE FALSE FALSE

逻辑运算符&&和|| 只考虑向量的第一个元素，给出单个元素的向量作为输出。

运算符 描述 例

&& 称为逻辑AND运算符。 取两个向量的第一个元素，并且只有两个都为TRUE时才给出TRUE。

v <- c(3,0,TRUE,2+2i)

t <- c(1,3,TRUE,2+3i)

print(v&&t)

它产生以下结果 -

TRUE

|| 称为逻辑OR运算符。 取两个向量的第一个元素，如果其中一个为TRUE，则给出TRUE。

v <- c(0,0,TRUE,2+2i)

t <- c(0,3,TRUE,2+3i)

print(v||t)

它产生以下结果 -

FALSE

赋值运算符

这些运算符用于向向量赋值。

运算符 描述 例

<−

or

=

or

<<−

称为左分配

v1 <- c(3,1,TRUE,2+3i)

v2 <<- c(3,1,TRUE,2+3i)

v3 = c(3,1,TRUE,2+3i)

print(v1)

print(v2)

print(v3)

它产生以下结果 -

3+0i 1+0i 1+0i 2+3i

3+0i 1+0i 1+0i 2+3i

3+0i 1+0i 1+0i 2+3i

->

or

->>

称为右分配

c(3,1,TRUE,2+3i) ->v1

c(3,1,TRUE,2+3i) ->>v2

print(v1)

print(v2)

它产生以下结果 -

3+0i 1+0i 1+0i 2+3i

3+0i 1+0i 1+0i 2+3i

其他运算符

这些运算符用于特定目的，而不是一般的数学或逻辑计算。

运算符 描述 例

: 冒号运算符。 它为向量按顺序创建一系列数字。

v <- 2:8

print(v)

它产生以下结果 -

2 3 4 5 6 7 8

%in%此运算符用于标识元素是否属于向量。

v1 <- 8

v2 <- 12

t <- 1:10

print(v1 %in% t)

print(v2 %in% t)

它产生以下结果 -

TRUE

FALSE

% % 此运算符用于将矩阵与其转置相乘。

M = matrix( c(2,6,5,1,10,4), nrow = 2,ncol = 3,byrow = TRUE)

t = M % % t(M)

print(t)

它产生以下结果 -

[,1] [,2]

[1,] 65 82

[2,] 82 117

>a="TT"

>b=c("AA","AT","TT")

>a %in% b

[1] TRUE

2. 判断某一元素这向量中的索引（第几个位置）： index.TT=which(b==”TT”)

>index.TT=which(b=="TT")#index.TT是想知道的索引号，which是判断函数，b是想知道的元素所在的向量

>index.TT

[1] 3

3. 相当于 python 中的字典， names 函数

>b

[1] "AA" "AT" "TT"

>names(b)=c("geno1","geno2","geno3")#geno mean genotype

>names(b)

[1] "geno1" "geno2" "geno3"

>names(b)[1]

[1] "geno1"

>names(b)[1]="test"

>names(b)

[1] "test""geno2" "geno3"

>names(b)=NULL

>b

[1] "AA" "AT"

>b["geno2"]

"AT"

pop_name=c(“CEU”,"YRI")

names(pop_name)=c(1,2)

names(pop_name[1])=1

4. 去除某一元素： b[-index.nu]

#想去除元素”TT”,如果你不知道是第几个索引，可以先判断索引，再删除。

>b=c("AA","AT","TT")

>names(b)=c("geno1","geno2","geno3")

>index.TT=which(b=="TT")

>b=b[-index.TT]

>b

geno1 geno2

"AA""AT"

5. 相当于 Python 中的 set() 函数 和 count() 函数： unique() ， table()

>b=c("TT","AT","AT","TT","AA")

>unique(b)#即相当于去除所有的重复，只保留一个

[1] "TT" "AT" "AA"

>table(b)#以元素为name,统计各元素的个数

b

AA AT TT

122

6. 字符串的分割： strsplit()

>test="AA"

>strsplit(test)

错误于strsplit(test) :缺少参数"split",也没有缺省值

>strsplit(test,split='')

[[1]]

[1] "A" "A"

>test=strsplit(test,split='')[[1]]

>test

[1] "A" "A"

7. 文本文档的写入： write.table()

write.table( res.matrix,file=new.file,sep='\t',quote=F,row.names=F,col.names=F,append=T)#quote=F去掉引号后写入，row.names=F去掉行的名字写入，否则会把名字写进去

##写入数据时候最好把数据存储成一个matrix然后直接写。要是每行每行写的话要注意数据的格式了。先建立一个空的matrix，见8，然后通过rbind或者cbind叠加上去。

方法一：

a=c()

b=c(“AA”,”TT”,”CC”)

for (i in 1:3){

a=c(a,b)

}

write.table(a,file=”test.txt”)#你会发现结果是

AA

TT

CC

….

##而且还有行和列的名字，因为没有设置参数。因为对于c向量来说，写的话默认是竖着写的，每个元素占一行。所以比较方便的就是rbind

方法二：

a=c()

b=c(“AA”,”TT”,”CC”)

for (i in 1:3){

a=rbind(a,b)

}

write.table(a,file=”test.txt”，quote=F,row.names=F,col.names=F)#你会发现结果是

AA TT CC

AA TT CC

AA TT CC

##原因是rbind把最总结果当做矩阵了。对于R数据的写入最好能生成最后的矩阵再写入。但是西面的梅一行写一次和方法二的效果是想通的，但是要用到append参数。

a=c()

b=c(“AA”,”TT”,”CC”)

for (i in 1:3){

a=rbind(a,b)

write.table(a,file=”test.txt”，quote=F,row.names=F,col.names=F,append=T)

}

8. 建立一个空的 matrix ：

res.matrix <- matrix( ,nrow=0,ncol=6 )##这样就建立了一个0行6列的空matrix了。

9. 如何将 R 运行结果输出到文件

>x=read.table("F:/my/work/chengxu/PValue/pc2jieguo/pc2302.txt")

>z=t(x)

>ks.test(y,z)

Two-sample Kolmogorov-Smirnov test

data:y and z

D = 0.207, p-value <2.2e-16

alternative hypothesis: two-sided

如上面运行结果，我想将p-value <2.2e-16自动保存到一个文件中，如何用R程序实现，谢谢！

sink("output.txt")

print(ks.test(y,z)$p.value)

sink()

http://cos.name/cn/topic/16300

10 降序排列：

>a=c(1,1.2,0.1,4,5,-0.1)

>a=sort(a,decreasing=T)

>a

[1]5.04.01.21.00.1 -0.1

11. 取前1％的数

>a=c(1:10,4:20,1:100,1:1000)

>a=sort(a,decreasing=T)#先降序

>sig=a[round(length(a)*0.01)]

>sig

[1] 990

12.在shell中直接执行R脚本

R CMD BATCH --argstest.R

13. R中高级作图的方法

http://qizhi502.blog.163.com/blog/static/11497002520120611451736/

14:设置字体类型：

par(family='Times New Roman')

15:控制图形四周的空白大小

par(mfrow=c(3,1),mar=c(0,0,0,0))

其中mar是四周的间距,分别为x,y上下的距离

16控制作图区域的大小layout

layout(c(1,2,3),height=c(1,1,0.5))

分成竖着三份， 其中三份比列依次为（高度依次为2：2：1）

17保留两位小数

round(0.123,digits=2)

18 在原有图的基础上画图：

par(fig=c(0.1,0.5,0.43,0.65), new=TRUE)

19 只显示y轴

plot(1:10,1:10,axes=F)

axis(2,at.....)

20 调节刻度方向 las

plot(1:10,1:10,las=1)

21 屏幕分割

layout(matrix(1:16,4,4))＃＃＃竖着plot

par(mfrow=c(4,4))##横着plot

22.逻辑表示或者

xor为异或，两值不等为真，两值相等为假。例：xor(0, 1)

23. 从向量中随机取几个数sample

sample(rep(1:1000),10)

23 字符串转换成小数浮点型

as.numeric("0.123")

24. 读取不规范的文本

f=readLines(afile,n=1)＃n表示读几行

f=strsplit(f,'\t')##分割

f[1][[1]]##第一行

f[1][[1]][1]##第一行 第一个字符串

25. write 写入文件

write(afile, "a\tb\t",append=T) #沿着每行一次 写入

26. 不需要循环，这直接对matrix没行或者每列进行筛选操作apply（）

apply（data,col2 or row1, max>0）

27.保留2位小数

a=2.300

a=as.numeric(sprintf(“%.3f”,a))

28。调出假设检验的p value

t.test(data1,data2)$p.value