如何用R语言绘制热图# --enable-R-shlib 需要设置,使得其他程序包括Rstudio可以使用R的动态库# --prefix指定软件安装目录,需使用绝对路径.configure --prefix=homeehbioR3.4.0 --ena2023-02-25Python230
R语言ggcorrplot包绘制相关性热图热图是科研论文中一种常见的可视化手段,而在转录组研究领域,我们常常需要分析一些基因与基因之间的相关性,来判断生物样本中是否存在共表达情况,以及共表达基因模块。除了基因集之间,其他方向,比如免疫细胞群体之间相关性,样本的相关性,也常常用相关性2023-02-25Python200
r代码默认的颜色怎么改回来r代码默认的颜色改回来使用scales包。R语言ggplot中的颜色ggplot2分组时默认使用的颜色,可以从另一个hadley写的包,进入scales包中有调用改变颜色。这个包算是一个工具包,用于和hadley写的其他包配合使用,颜色是其2023-02-25Python430
复现详解:纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度GSE112996_merged_fpkm_table.txtGSE112996_series_matrix.txt,把GSE112996_series_matrix.txt解压,得到如下两个文件,把这两个文件放到对应的project文件夹2023-02-25Python150
案例演示 | R语言绘制热图代码本文是个人笔记,请谨慎付费[星球用户可免费看]。 我们在分析了差异表达数据之后,经常要进行热图的可视化展示。热图(Heat map) 是一个以 颜色 变化来显示数据的 矩阵 。虽然“热图”是一个新兴的词汇,但是用明暗的矩阵来标2023-02-24Python150
初学者R语言:热图基础画法及个性化调整详解热图(Heatmap):用颜色变化直观的表达数据之间差异的图,是对实验数据进行质制和差异数据的展现,是数据挖掘类文章的标配。 例如上图,每个小方格表示每个基因,其颜色表示该基因表达量大小,表达量越大颜色越深(红色为上调,蓝色为下调)。每2023-02-24Python360
案例演示 | R语言绘制热图代码本文是个人笔记,请谨慎付费[星球用户可免费看]。 我们在分析了差异表达数据之后,经常要进行热图的可视化展示。热图(Heat map) 是一个以 颜色 变化来显示数据的 矩阵 。虽然“热图”是一个新兴的词汇,但是用明暗的矩阵来标2023-02-24Python230
R语言 -- 寻找差异甲基化区域(DMR)-- DSS 包最好的文档其实还是官方文档。。。 http:bioconductor.orgpackagesreleasebiocvignettesDSSinstdocDSS.html#3_Using_DSS_for_BS-seq_di2023-02-24Python170
R语言-第一次用RStudio 画热图作业 读取文件用得比较多的参数有: “header”,“sep”,“quote”,“na.strings”,“fill”,“strip.white ”,“blank.lines.skip”,“comment.char ”,“”等等。2023-02-24Python210
【R语言编程】---利用三代测序绘制菌群聚类热图与物种丰度图前言: 仍然是三代测序数据的分析,宏基因组的文章中经常出现聚类热图和物种丰度图,用来直观地识别与某些疾病或者表型相关的菌群构成。 1.读取数据 一共有11个样本,每一个样本的测序reads都经过Nanopore官方的Epi2Me2023-02-24Python130
案例演示 | R语言绘制热图代码本文是个人笔记,请谨慎付费[星球用户可免费看]。 我们在分析了差异表达数据之后,经常要进行热图的可视化展示。热图(Heat map) 是一个以 颜色 变化来显示数据的 矩阵 。虽然“热图”是一个新兴的词汇,但是用明暗的矩阵来标2023-02-24Python210
R语言画时间序列图用xlim或者ylim命令。比如:# Specify axis options within plot()plot(x, y, main="title", sub="subtitle",xlab=2023-02-24Python290
R语言ggplot2画热图添加分组信息的颜色条非常感谢下面这位的留言 文本添加下划线的小例子 如何画这个热图昨天的推文已经介绍过了,点击下方蓝色字可以直达昨天的推文 这样文章开头提到的图就做好了分组柱状图,又叫聚合柱状图。当需要在同一个轴上显示各个分类下不同的分组时,需要用2023-02-24Python300
R语言ggcorrplot包绘制相关性热图热图是科研论文中一种常见的可视化手段,而在转录组研究领域,我们常常需要分析一些基因与基因之间的相关性,来判断生物样本中是否存在共表达情况,以及共表达基因模块。除了基因集之间,其他方向,比如免疫细胞群体之间相关性,样本的相关性,也常常用相关性2023-02-24Python160
案例演示 | R语言绘制热图代码本文是个人笔记,请谨慎付费[星球用户可免费看]。 我们在分析了差异表达数据之后,经常要进行热图的可视化展示。热图(Heat map) 是一个以 颜色 变化来显示数据的 矩阵 。虽然“热图”是一个新兴的词汇,但是用明暗的矩阵来标2023-02-24Python150
R 聚类热图-数据的标准化最近一直在学习转录组分析,在绘制差异表达基因热图的时候遇到了个坑?我发现的做出来的热图和别人不一样。如下图所示,图1是我的,图2是别人家的。 怎么解决呢?直接取对数吗? 如果对表达量去一下log10,发现10000变成了4,10变成2023-02-24Python170
R 聚类热图-数据的标准化最近一直在学习转录组分析,在绘制差异表达基因热图的时候遇到了个坑?我发现的做出来的热图和别人不一样。如下图所示,图1是我的,图2是别人家的。 怎么解决呢?直接取对数吗? 如果对表达量去一下log10,发现10000变成了4,10变成2023-02-24Python290
R语言绘图包06--基因表达相关性绘图corrplotR语言绘图包系列: 参数 参考:https:cran.r-project.orgwebpackagescorrplotvignettescorrplot-intro.html https:mp.weixin.qq.2023-02-24Python270
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R语言-第一次用RStudio 画热图作业 读取文件用得比较多的参数有: “header”,“sep”,“quote”,“na.strings”,“fill”,“strip.white ”,“blank.lines.skip”,“comment.char ”,“”等等。2023-02-24Python150