怎么解决呢?直接取对数吗?
如果对表达量去一下log10,发现10000变成了4,10变成了1,这样之前离散程度很大的数据就被集中了。
聚类分析中均一化是如何计算的?
表达矩阵每行数据的各个数值减去每行数据的均值,再除以每行数据的标准差。
详细的数据规范化(归一化)、及Z-score标准化可参考教程 https://blog.csdn.net/weixin_38706928/article/details/80329563
关于R环境搭建可参考教程, 【R语言入门】R语言环境搭建 -
绘制热图
通过一些数学函数,将原始值进行映射。该方法包括log、指数、正切等。当变量是正偏态分布的时候,选用log对数。是否取对数可根据自己的需求。
ps:生信小白一枚。内容仅供参考,和谐交流 ,欢迎大佬指导,也欢迎大家一起学习。
scale.data(data)
library(NbClust)
result.data<-NbClust(scale.data,distance="euclidean",min.nc=2,max.nc=4,metheod="average")
barplot(table(nc$Best.n[1,]),xlab="Clusters",ylab="Criteria")