开始一个新的R语言数据分析新项目，管理脚本、图片、文件的推荐方式：打开Rstudio，新建Rproject，新建脚本（脚本存放在生成的Rproject文件夹中）。
若要逆着优先顺序操作，将返回NA
x %in%y是判断x中的每一个元素是否在y中存在。
若x和y长度不一致，返回x个TRUE或者FALSE。
⚠️练习：按如下方式生成test数据框，提取test中，最后一列值为a或c的行，组成一个新的数据框，赋值给test2。
这里如果使用==来判断，就相当于拿test$n的15个值与c('a','c')的2个值来一一对应着比对，因为两者长度不同，会发生循环补齐，其效果如下图，明显不是我们想要的结果。
x%in%y：选出x是y中一个值时的所有行
另：取交集、差集、并集的函数为：intersect(x,y)、union(x,y)、setdiff(x,y)、setdiff(y,x)
match函数的用法参考： https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/84927296
使用match函数修改矩阵的信息
方法1--设置CRAN镜像：打开R studio，点击tools--global option--packages，选择Package CRAN reposotory。
方法2--设置CRAN和bioconductor镜像
用于读取/导出文件的R包
rio可以不用区分读入文件类型，大部分文件可直接用import()读取。
@ 是R中，S4类的一个操作符， 用于提取S4对象中的内容（slot） ，比如：
这个时候$是不起作用的，因为被S4类重写了。可以自己定义$的行为。
⚠️： matrix不能直接用$取列
⚠️因此如果想取数据框中的部分行，在方括号中直接输入行数即可，返回的仍然是数据框。但如果加了逗号，会丧失数据框的格式，也就是会使数据框的行名（往往是基因名）丢失。
后面存图时可以用paste0连接GSE编号和图片类型及后缀，这样不同数据的分析得到的图片名就跟数据相一致。
通过将变量因子化来设置柱条的顺序
数据准备
函数：legend(location, title, legend, ....)
参数详解：
x和y：用于定位图例，也可用关键词"bottomright", "bottom", "bottomleft", "left", "topleft", "top", "topright", "right" 和 "center"；当图例用关键词设置位置后，inset = 分数，可以设置其相对位置；
legend：指定图例标签，字符或表达式向量；
fill：用特定的颜色进行填充；
col：设置图例中出现的点或线的颜色；
border：当fill = 参数存在的情况下，用于指定填充的边框颜色；
lty, lwd：图例中线的类型与宽度；
pch：点的类型；
angle：阴影的角度；
density：阴影线的密度；
cex：指定图例显示大小；
bg：指定图例的背景色；
bty：指定图例框是否画出，默认o为画出，n为不画出；
box.lty, box.lwd, box.col： 设置图例边框线型，线粗，颜色，box.lty为虚线，box.lwd决定粗线，box.col决定颜色；
pt.bg：图例中点的背景色；
pt.cex：图例中点的大小；
pt.lwd：图例中点边缘的线宽；
x.intersp：图例中文字离图片的水平距离；
y.intersp：图例中文字离图片的垂直距离；
adj：图例中字体的相对位置；
text.width：图例中字体所占的宽度，调整后图例整个宽度也跟着变化了；
text.col：图例字体的颜色；
text.font：图例字体；
merge：逻辑值，merge=TRUE，合并点与线，但不填充图例框，默认为TRUE；
trace：逻辑值，trace=TRUE显示图例信息；
plot：逻辑值，plot=FALSE不画出图例；
ncol：图例中分类的列数；
horiz：逻辑值，horiz=TRUE，水平放置图例；
title：给图例加标题；
xpd：xpd=FALSE，即不允许在作图区域外作图，改为TRUE即可，与par()参数配合使用；
title.col：标题颜色；
title.adj：图例标题的相对位置，0.5为默认，在中间。0最左，1为最右；
seg.len：指定图例中线的线长，长度单位为字符宽度。
1 图例方位
2 修饰图例
3 图例绘制在图外
4 自定义图例
有时候绘制出的图是分组图，这时候需要自定义绘制图例。
参考资料：
《R语言实战》（中文版），人民邮电出版社，2013.
R语言绘制图例(legend)的各种问题_详细综合解析， https://blog.csdn.net/xiangyong58/article/details/54579293
投必得R语言教程，第二讲 R作图-基础-图形参数设置：标题、图例、文字， https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1Mzc3OTIwNg==&mid=2247495531&idx=1&sn=cdd80d4e950ae2b344cf188c68922fa8&chksm=fbef0602cc988f14e93b71bc6fcc2fda782d3ae9a3a67601a6c87756f4ae85bcc5d9c56d9b51&scene=21#wechat_redirect
一幅图解决R语言绘制图例的各种问题， https://blog.csdn.net/weixin_30469895/article/details/96649305
