R语言提取TCGA数据库clinical.json中的临床信息

Python051

R语言提取TCGA数据库clinical.json中的临床信息,第1张

转自“ 医学统计园 ”微信公众号。

读入clinical.json文件

计算文件长度n,在这里n为348

初始化变量

利用一个for循环由json文件中提取信息

将提取的信息做成一个dataFrame

偏最小二乘法判别分析(PLS_DA)是一种用于判别分析的多变量统计分析方法,一种根据观察或测量到的若干变量值,来判断研究对象如何分类的常用统计分析方法。对不同处理样本(如观测样本、对照样本)的特性分别进行训练,产生训练集,并检验训练集的可信度。以下是PLS_DA分析绘图的一个小示例

(本文仅作绘图示例,不涉及分析说明)

软文同步于“作图帮”公众号,感兴趣的小伙伴可以关注一下哦~

以下是scatterplot3d、Plot3D、rgl包绘制三维散点图的小示例。

【Iris数据集】

scatterplot3d包绘制三维散点图

Plot3D 包绘制三维散点图

rgl包绘制三维散点图

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