username一般是root,然后dbname是你需要读取的表所在数据库的名字。
一些常用的数据,处理好,放在mySQL里,以后使用起来也方便。可以用R直接进行分析,具体步骤如下:
1、R下载RODBC包,安装好。
下载mySQL ODBC,安装好。
3、windows:控制面板->管理工具->数据源(ODBC)->双击->添加->选中mysql ODBC driver一项
填写:data source name 一项填入你要使用的名字,自己随便命名,例如:mysql_data
description一项随意填写,例如mydata
TCP/IP Server 填写本机服务器IP,一般为:127.0.0.1
user 填写你的mysql用户名
password 填写你的mysql密码
然后数据库里会出现你的mysql里的所有数据库,选择一个数据库。
确定。
4、打开R的界面调用数据库:
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library(RODBC)channel <- odbcConnect("mysql_data", uid="root",pwd="123")sqlTables(channel)#查看数据中的表 data<-sqlFetch(channel,"kegg")# 查看表的内容,存到数据框里
以下扩展包可以读取xlsx文件:CRAN - Package xlsxawalker89/openxlsx · GitHubCRAN - Package RODBC 通过 odbcConnectExcel2007 连接到xlsx表格,然后通过SQL选择表格中的数据hadley/readxl · GitHub 最新的一个扩展包,可以跨平台、无依赖地读取xls, xlsx中的表格数据。