1.数据结构
首先需要准备丰度数据表Abundance.txt和分组信息group.txt
丰度数据以样本为列名，以菌种为行名：
分组信息以列出了每个样本属于病例/对照组：
3.再画丰度图
丰度图其实就是堆叠图：
4.结果展示
前言： 仍然是三代测序数据的分析，宏基因组的文章中经常出现聚类热图和物种丰度图，用来直观地识别与某些疾病或者表型相关的菌群构成。
1.读取数据
一共有11个样本，每一个样本的测序reads都经过Nanopore官方的Epi2Me程序鉴定了物种，下表中第一列是被鉴定的菌种，第二列是该样本中每个物种产生的reads数目。
首先导入到R语言中，合并所有样本到一个数据框：
2.绘制热图
经过上一步，我们得到了列名为样本，行名为菌种的reads数据框，然后就可以绘制热图，进行聚类分析了：
绘制结果：
3.绘制物种丰度图
丰度图，其实就是堆积图，把每个样本的reads数目转换为百分数，然后作图就可以了：
绘制结果：
