二者区别在于：java文件是源程序，class文件是编译后的代码。
关于源程序
未经编译的，按照一定的程序设计语言规范书写的，人类可读的文本文件。
源程序可以是以书籍或磁带或其他载体的形式出现，但最为常用的格式是文本文件，这种典型格式的目的是为了编译出计算机可执行的程序。
将人类可读的程序代码文本翻译成为计算机可以执行的二进制指令，这种过程叫做编译，由各种编译器来完成。一般用高级语言编写的程序称为“源程序”。
java文件就是这样一个未经编译的源程序，一般是给程序员看的。
编译程序
编译程序（Compiler，compiling program）也称为编译器，是指把用高级程序设计语言书写的源程序，翻译成等价的机器语言格式目标程序的翻译程序。
编译程序属于采用生成性实现途径实现的翻译程序。它以高级程序设计语言书写的源程序作为输入，而以汇编语言或机器语言表示的目标程序作为输出。
编译出的目标程序通常还要经历运行阶段，以便在运行程序的支持下运行，加工初始数据，算出所需的计算结果。
class文件就是被编译器编译过的java文件，通常是给计算机看的。
扩展资料：
JAVA工作原理：
使用文字编辑软件或集成开发环境在Java源文件中定义不同的类 ；
通过调用类中的方法来访问资源系统；
把源文件编译生成一种二进制中间码，存储在class文件中；
然后再通过运行与操作系统平台环境相对应的Java虚拟机来运行class文件，执行编译产生的字节码，调用class文件中实现的方法来满足程序的Java API调用。
参考资料：
源程序-百度百科
编译程序-百度百科
.java文件你可以认为只是一个文本文件， 这个文件即是用java语言写成的程序，或者说任务的代码块。.class文件本质上是一种二进制文件， 它一般是由.java文件通过 javac这个命令（jdk本身提供的工具）生成的一个文件， 而这个文件可以由jvm(java虚拟机)装载（类装载），然后进java解释执行， 这也就是运行你的程序。
你也可以这样比较一下：
.java与 .c , .cpp, .asm等等文件，本质 上一样的， 只是用一种 语言来描述你要怎么去完成一件事（一个任务）， 而这种语言 计算机本身 是没有办法知道是什么含义的， 它面向的只是程序员本身， 程序员可以通过 语言本身（语法） 来描述或组织这个任务，这也就 是所谓的编程。 最后你当然是需要计算机按照你的意图来运行你的程序， 这时候就先得有一个翻译（编译， 汇编， 链接等等复杂的过程）把它变成机器可理解的指令（这就是大家说的机器语言，机器语言本身也是一种编程语言，只是程序很难写，很难读懂，基本上没有办法维护）。 这里的.class文件在计算的体系结构中本质上对应的是一种机器语言（而这里的机器叫作JVM），所以JVM本身是可以直接运行这里的.class文件。所以 你可以进一步地认为，.java与.class与其它的编程语法一样，它们都是程序员用来描述自己的任务的一种语言，只是它们面向的对象不一样，而计算机本身只能识别它自已定义的那些指令什么的（再次强调，这里的计算机本身没有那么严格的定义）
