前言： 仍然是三代测序数据的分析，宏基因组的文章中经常出现聚类热图和物种丰度图，用来直观地识别与某些疾病或者表型相关的菌群构成。
1.读取数据
一共有11个样本，每一个样本的测序reads都经过Nanopore官方的Epi2Me程序鉴定了物种，下表中第一列是被鉴定的菌种，第二列是该样本中每个物种产生的reads数目。
首先导入到R语言中，合并所有样本到一个数据框：
2.绘制热图
经过上一步，我们得到了列名为样本，行名为菌种的reads数据框，然后就可以绘制热图，进行聚类分析了：
绘制结果：
3.绘制物种丰度图
丰度图，其实就是堆积图，把每个样本的reads数目转换为百分数，然后作图就可以了：
绘制结果：
目录
vcf数据里除了位点的ATGC的对比，进行纯合/杂合判断的以外。还有一个重要的项目就是 DP ，测序深度。测序深度不仅是看测序质量的重要参考，也是对染色体倍数体以及基因拷贝数进行评估的重要指标。
一般的VCF文件都很大，用手动提取里面的信息肯定不大现实。用 vcfR 就可以轻松实现。
查看一下R读取的数据。
选取我们需要的部分也就是Genotype Section里的 DP 区域。
众所周知箱状图的特点就是(boxplot)包含了所有的信息，包括异常值outlier。正因为这个原因，这张图很大程度上受到了这些异常值的影响，变得非常难懂。自己看看还可以，用来发表文章的话肯定不行。
经过log2转换，我们可以得到理想的效果。
又或者不需要转换，而是通过过滤数据来改善箱图效果。举个例子，提取90%的信赖区间的数据来可视化。
这样也可以获得类似的结果。
