安装R包报错的问题从一开始学生信就一直存在着，但是没有专门整理一下，前两天安装 CHIPseeker 的时候实在受不了了，因为碰见了好多坑，于是在这里专门整理一下，方便自己和他人查看
到这里已经没太有耐心了，然后开始查原因，后面应该加一个 type = "binary"
再试一下
成功解决，安装 XML 时同样也是这个问题 ，跟上面是一种解决方式
安装 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 就不能用 biocLite 了
解决办法
解决：去 lib_PATH下把lock文件删掉
这里是 问题 5 的 参考
老版本R，在这里MARK以下
虽然讨论了一些R包安装问题，但这应（jue）该（dui）不会是我最后一次安装报错，以后再遇到会更新的
问题：
非root权限下安装的R包都是默认安装在
/home/[yourname]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/[version]
这就导致一个问题，别的用户无法使用到你安装的包，需要自己再安装一遍，这样就很麻烦
解决办法：将别人的R library path 加载到自己的R环境变量中就可以了：
先查看一下包的安装路径：
.libPath()
[1] "/home/user2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4] "/usr/lib/R/library"
安装时会按照顺序安装，
[1] "/home/balter/conda/envs/dada2/lib/R/library" "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/library"
export R_LIBS="/home/user2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1"
即可凑合用。
更专业点就是修改R启动时候加载的Rprofile文件，参考：
https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/10984983.html
R语⾔查看已加载包、卸除加载包及安装包与卸载包1、查看已加载的包(.packages())
注意外⾯的括号和前⾯的点不能省。
包被安装后，在使⽤前需要加载。加载包使⽤命令 library(包名)，⽐如library(codetools)。
查看有哪些包是被加载的，使⽤命令(.packages()) ，注意⼩括号和点号不能省略。
>(.packages())
[1] "stats" "graphics" "grDevices" "utils" "datasets" "methods" "base"
2、卸除已加载的包
如卸除RMySQL包
detach(“package:RMySQL”)
注意是卸除，不是卸载，也就是说不是把包从R运⾏环境中彻底删除，只是不希望该包被加载使⽤。
在包使⽤函数冲突，检验函数依赖时⽐较有⽤。
要将已经加载的包卸除。注意不是卸载删除，只是不加载这个包。在包函数冲突时需要。使⽤命令detach("package：包名")。或则detach("package：包名", unload=TRUE)
3、安装包
install.packages(“rjson”)
下载安装名为“rjson”的包。
要安装包，可以使⽤命令install.packages("包名")，或者
install.packages("包名", contriburl="http://url", dependencies = TRUE)
如果安装的时候要指定安装⽬录，可以使⽤install.packages("stepNorm", contriburl="http://url", lib="mydir")
4、卸载已加载的包
彻底删除已安装的包：
remove. packages(c(“pkg1”,”pkg2”) , lib = file .path(“path”, “to”, “library”))
注：
“pkg1”,”pkg2”表⽰包名，即⼀次可以卸载多个包；
“path”, “to”, “library”表⽰R的库路径，字符向量，通常情况下只输⼀个路径即可。使⽤命令.libPaths()可以查看库路径。⽰例：remove.packages(c(‘zoom’),lib=file.path(‘C:\\Program Files\\R\\R-3.2.2\\library’))
5、查看已安装的包
installed.packages()
library()
使⽤ library() 可以查看已经安装的包的列表，会打开⼀个新窗⼝显⽰信息。
使⽤ installed.packages() 可以看到各个包安装的路径，版本号等信息。
也可以使⽤ .packages(all.available=T) 就在控制台中显⽰已安装包的名字，只显⽰包的名字。
要查看已安装包的帮助信息，⽐如该包中有哪些函数，可使⽤ help(package="graphics") 。如果该包提供了信息，会以本地⽹页的形式打开帮助⽂件。
6、查看某个包提供的函数
help(package=’TSA’)
package参数为要查看的包的包名。
7、查看某个函数属于哪个包
help(函数名)
在打开的⽹页中查看属于哪个包。
8、升级包
update.packages()
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R语言查看已加载包、卸除加载包及安装包与卸载包
R语⾔查看已加载包、卸除加载包及安装包与卸载包1、查看已加载的包
(.packages())
注意外⾯的括号和前⾯的点不能省。
包被安装后，在使⽤前需要加载。加载包使⽤命令 library(包名)，⽐如library(codetools)。
查看有哪些包是被加载的，使⽤命令(.packages()) ，注意⼩括号和点号不能省略。
>(.packages())
[1] "stats" "graphics" "grDevices" "utils" "datasets" "methods" "base"
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2、卸除已加载的包
如卸除RMySQL包
detach(“package:RMySQL”)
注意是卸除，不是卸载，也就是说不是把包从R运⾏环境中彻底删除，只是不希望该包被加载使⽤。
在包使⽤函数冲突，检验函数依赖时⽐较有⽤。
要将已经加载的包卸除。注意不是卸载删除，只是不加载这个包。在包函数冲突时需要。使⽤命令detach("package：包名")。或则detach("package：包名", unload=TRUE)
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3、安装包
install.packages(“rjson”)
下载安装名为“rjson”的包。
要安装包，可以使⽤命令install.packages("包名")，或者
install.packages("包名", contriburl="http://url", dependencies = TRUE)
如果安装的时候要指定安装⽬录，可以使⽤install.packages("stepNorm", contriburl="http://url", lib="mydir")
4、卸载已加载的包
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彻底删除已安装的包：
remove. packages(c(“pkg1”,”pkg2”) , lib = file .path(“path”, “to”, “library”))
注：
“pkg1”,”pkg2”表⽰包名，即⼀次可以卸载多个包；
“path”, “to”, “library”表⽰R的库路径，字符向量，通常情况下只输⼀个路径即可。使⽤命令.libPaths()可以查看库路径。⽰例：remove.packages(c(‘zoom’),lib=file.path(‘C:\\Program Files\\R\\R-3.2.2\\library’))
