最终出图如下
这里自动做统计检验的函数是 stat_compare_means()
读入数据
作图
这个函数来自于ggpubr这个包,只需要指定根据那一列来分组就可以了
默认的是Wilcoxon Rank Sum and Signed Rank Tests,如果要用t检验指定method参数
如果想把P值改成星号,直接加label=“p.signif”参数
这里如果不显著会在图上显示ns,如果不想要ns,可以加 hide.ns = TRUE 参数
星号的位置可以手动指定,用 label.y = c(26,31) 参数
使用到的是 ggsignif 这个包
小明的数据分析笔记本
PCR数据要有三列,一列是组名,一列是内参基因的CT值,一列是目的基因的CT值,计算方法是-2 ∆∆Ct 法,实现一步出图用的是 ggpubr ,实现截断则是Y叔出手的 ggbreak
以前很少有包可以完美实现这个功能,我以前写过 R做截断柱状图并加显著性统计 可以实现,但Y叔出手写了个 ggbreak 包,完美的就解决了
其实还有一个 pcr 的包也能简单实现,而且自动计算mRNA相对表达定量,而且对照组定量是1,更加科学,但是表格只是两列CT值,还要重新定义组,所以要先提取一下表格,处理一下数据。
也可以截断,还是 ggbreak