R语言GEO数据挖掘：步骤三：进行基因差异分析

Python024

R语言GEO数据挖掘：步骤三：进行基因差异分析,第1张

用limma包，这里注意，limma包是对基因芯片表达矩阵的分析，不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析（因为数据特征不同），RNAseq需要用另一种方法

解读此表

但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较，所有还有下一种方法

处理好了分组信息，再自定义比较元素

自定义函数进行比较

热土和火山图都是傻瓜式的，只要的前面得出的deg数据(也就是基因差异表达数据）是正确的

基因库是一个虚拟的概念。指一个种群里所有个体的所有基因。

基因文库是贮存某物种基因的一个微生物群体。比如，我们可以把人类的所有基因用限制酶切割后，用DNA连接酶将这些基因片断和运载体连接，导入到细菌细胞，然后大量培养这些细菌细胞，就形成了一个基因文库。这些基因文库含有某物种的全部种类的基因，又叫基因组文库。所以，基因文库包括基因组文库。