1.html5的app比较轻巧，原生态app如比较正规，html5实现的功能有限，只能实现一些轻型的交互场景，而app则可以完美解决。
2.html5虽然可以跨平台，可是浏览器有个加载速度，对于用户体验上说，有个加载的等待，就比如你用qq浏览器打开百度，和直接使用百度app是两种体验。浏览器打开百度，还得有个加载，而百度app则duang的出下了输入框界面。
3.html5的app对于导航来说，目前有个弊端。而原生态app则在页底固定悬浮着导航菜单。
4.html5 app也有自己的优势，比如有的app页面想要分享出来，则采用html5 app。也比如滴滴打车集成在微信里一样，如果手机中没有滴滴打车的app，则直接可以在默认浏览器上加载出来，进行打车。
html5 app在设计时需要注意的一些要点：
1）各手机浏览器的兼容测试
2）底层服务的调取（能调取，但只有当其是核心功能时才保留 eg：新浪、美团等皆去掉了头像上传功能）
3）注意离线数据存储，减少数据请求频率。
4）考虑保存用户的哪些数据：设置、个人数据、阅读锚点、跳出页面等。【这点一般说的就是导航菜单】
5）避免动效与浏览器的交互冲突
6）按顺序 异步加载
想了解他们之间的区别，先看一下各自的简单定义吧。
app:主要是指application（应用程序）
HTML是hypertext markup language（超文本标记语言）
主要区别有
1.应用环境：
手机原生app面前比较流行环境是Android和IOS两个版本。
HTML5主要是在浏览器中进行运行和渲染，其实浏览器是App的一种。
2.相关编程语言：
移动APP的编程语言一般是：c#,Java, c,vb 等...
HTML5的编程语言则是：html5,css3,javascript,php/jsp/asp 等...
3.开发成本和周期：
移动APP相对来说开发成本比较高，周期也比较长。html主要应用于前端web开发，开发制作周期短，费用少。
4.兼容性
手机app在不同的系统中需要开发不同版本（例如前面所说的Android和IOS），而html5可以跨平台主要有浏览器就可以运行。
5.用户体验。执行效率，显示效果，可以调用的系统权限都是不一样的。
在用户体验和表现这个方面 APP提供用户展示图形界面和数据展现的丰富性方面要比HTML5好。而且调用的系统权限APP相对权限要高。
总结：html5和app各有自己优势和不足，需求者应该根据各自的特点来选择合适的语言。
