2.轻量级触摸响应滑块插件JQuery lightSlider
3.带37种3D动画特效的跨浏览器CSS3动画框架
4.jquery整屏滚动插件Scrollify
5.jquery旋转木马插件SLICK
6.jquery文字动画插件LetterFX
7.jquery文本翻转插件Wodry.js
8.jquery通知插件toastr
9.jQuery滚动执行动画插件FadeThis
10.jquery表单验证插件Bootstrap Validator
11.jCountdown倒计时插件jQuery
12.iCheck不一样的checkbok
13.Owl Carousel强大的响应式jQuery焦点图轮播插件
14.magic-带64种动画效果的CSS3动画库
15.jQuery实时搜索插件-HideSeek
16.bootstrap modal对话框
17.一款模拟CSS3动画的js插件-move.js
18.可替代CSS3 transition和transform的jQuery插件
19.基于bootstrap的jQuery多功能模态对话框插件
20.带CSS3过渡效果的js模态窗口插件
21.支持移动触摸设备的简洁js幻灯片插件
22.jQuery轻量级响应式扁平风格tabs选项卡插件
23.jQuery轻量级响应式Tooltip插件
24.jQuery简单且功能强大的图片剪裁插件
25.带CSS3动画过渡效果的jQuery模态窗口插件
26.中国省市区地址三级联动jQuery插件
27.移动端优先且支持jQuery和Zepto的模态对话框插件
28.jQuery简单实用的tooltip插件
29.带CSS3过渡动画效果的jQuery Tabs选项卡插件
30.x0popup-纯js弹出对话框插件
31.WOW.js-元素在页面滚动时展示CSS3动画JS插件
32.Windows8样式的消息提示框jQuery插件
33.jQuery星级评分插件
34.fsBanner-实用的网站响应式Banner手风琴插件
35.draggabilly-功能强大的拖动拖拽元素插件
36.验证插件vali.js
37.响应式jQuery图片放大镜插件magnificent.js
38.可快速生成各种阴影效果的jQuery插件
39.基于jquery的非常逼真的全屏下雪效果
40.纯文本Loading加载指示器特效
按照描述测试了一下，没有出现这个问题。
测试代码如下：
//在这里面输入任何合法的js语句layer.open({
type: 1 //Page层类型
,area: ['500px']
,title: '你好，layer。'
,shade: 0.6 //遮罩透明度
,maxmin: true //允许全屏最小化
,anim: 1 //0-6的动画形式，-1不开启
,btn: ['重要','奇葩'] //按钮
,content: '<div style="padding:50px">这是一个非常普通的页面层，传入了自定义的html</div>'
})
对应展示效果：
后面依次是将高度设为300px，500px，800px的展示效果。
为的是测试挤占、平铺、跨界的效果。
可以看到并未出现渲染的底层无法覆盖的异常。
因此推测是你自定义的css与预设的css冲突，建议使用调试模式看下生效的css属性，再进行调试。
