R语言处理PCR数据,一步画柱状图、添加显著性标志并实现截断PCR数据要有三列,一列是组名,一列是内参基因的CT值,一列是目的基因的CT值,计算方法是-2 ∆∆Ct法,实现一步出图用的是 ggpubr ,实现截断则是Y叔出手的 ggbreak以前很少有包可以完美实现这个功能,我以前写过2023-05-01Python370
怎么用r语言进行dna序列分析有现成的包:matchprobes包 里面有个函数basecontent(seq)计算4中碱基每种的含量;自己做的话:#List是你的序列 unlist(strsplit(List,""))->sep.let2023-04-28Python180
R语言计算α多样性指数与画图操作之前安装好ggplot2、vegan、ggpubr包。如下: install.packages("ggplot2")install.packages("ggpubr") install.p2023-04-28Python220
16s—α多样性分析(R画箱线图)α多样性分析是反映生态系统内物种的多样性,包括 丰富度 和 均匀度 的综合指标。 丰富度:物种类别的多少,越丰富多样性越高。 均匀度:不同物种的数目均匀程度,越均匀多样性越高。1、Chao指数: 是用chao1 算法估计群落2023-04-20Python210
R语言|绘制物种累计曲线物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,2023-04-16Python190
微生物-环境因子影响样本菌群组成的环境临床因子很多,但其中有很多环境临床因子之间具有较强多重共线性(相关)关系,会影响后续的相关分析,所以在进行环境临床因子关联分析前,可以对环境临床因子进行筛选,保留多重共线性较小的环境临床因子,进行后续研究。V2023-04-10Python180
R语言 RDA分析(去冗余物种)也做了挺多次RDA分析,自己现在小结一下RDA分析流程: 就我个人而言,虚线前面都是不太经历的步骤,我一般不会主动删去样品的环境信息,因为我接触的菌群这块本来就没有什么多余的环境信息-_-||,所以我的重点放在怎么去除多余OTU或菌群上2023-04-10Python170
R语言|绘制NMDS图非度量多维标度(NMDS)分析 非度量多维标度(Non-metric Multidimensional Scaling,NMDS)是一种将多维空间的研究对象(样本或变量)简化到低维空间进行定位、分析和归类,同时又保留对象间原始关系的数据2023-03-04Python140
R语言|绘制物种累计曲线物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,2023-03-03Python110
R语言计算α多样性指数与画图操作之前安装好ggplot2、vegan、ggpubr包。如下: install.packages("ggplot2")install.packages("ggpubr") install.p2023-03-02Python120
R语言|绘制物种累计曲线物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,2023-02-27Python150
R语言计算α多样性指数与画图操作之前安装好ggplot2、vegan、ggpubr包。如下: install.packages("ggplot2")install.packages("ggpubr") install.p2023-02-27Python140
R语言|绘制物种累计曲线物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,2023-02-26Python170
R语言计算α多样性指数与画图操作之前安装好ggplot2、vegan、ggpubr包。如下: install.packages("ggplot2")install.packages("ggpubr") install.p2023-02-26Python360
R语言计算α多样性指数与画图操作之前安装好ggplot2、vegan、ggpubr包。如下: install.packages("ggplot2")install.packages("ggpubr") install.p2023-02-26Python130
R语言处理PCR数据,一步画柱状图、添加显著性标志并实现截断PCR数据要有三列,一列是组名,一列是内参基因的CT值,一列是目的基因的CT值,计算方法是-2 ∆∆Ct法,实现一步出图用的是 ggpubr ,实现截断则是Y叔出手的 ggbreak以前很少有包可以完美实现这个功能,我以前写过2023-02-26Python130
【R语言编程】---利用三代测序绘制菌群聚类热图与物种丰度图前言: 仍然是三代测序数据的分析,宏基因组的文章中经常出现聚类热图和物种丰度图,用来直观地识别与某些疾病或者表型相关的菌群构成。 1.读取数据 一共有11个样本,每一个样本的测序reads都经过Nanopore官方的Epi2Me2023-02-26Python180
2020-09-02-R语言绘制PCA图1、首先数据均一化2、 #载入一个CSV文件,header=TRUE保证表头不被当成表格数据,sep=","用逗号把数据分开 mydata<-read.table("abc.csv"2023-02-25Python230
浮游植物的数量和生物量是怎么计算的浮游植物的现存量,指的是某一瞬间单位水体中所存在的浮游植物的量。这个量有两种表示方法,用数目单位表示成为密度,一般用万个/升为单位,五、六十年代用之;用重量单位(mgL)表示的现存量称为生物量(Biomass),70年代以来被广泛使用。2023-02-25Python160
怎么用r语言进行dna菌群多样性分析基因测序分析微生物菌群结构 NA是什么意思微生物群落测序是指对微生物群体进行高通量测序,通过分析测序序列的构成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。借助不同环境下微生物群落的构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之2023-02-25Python140