草本多样性计算

草本多样性计算

你好!!用于测度群落物种多样性的计算公式如下:①α多样性测度丰富度指数=s,Margalef指数 Dmg=(S一1)/lnN0Shannon- Wiener 指数:Simpson多样性指数:Pielou均匀度指数J=H′lns式中Pi为某
Python270
R语言计算β多样性指数及分析

R语言计算β多样性指数及分析

计算β多样性指数需要用到phyloseq包。它的安装方式不同于简单的install.packages(“phyloseq”) 有两种方法可以安装 1.先安装BiocManager install.packages("B
Python160
R语言计算β多样性指数及分析

R语言计算β多样性指数及分析

计算β多样性指数需要用到phyloseq包。它的安装方式不同于简单的install.packages(“phyloseq”) 有两种方法可以安装 1.先安装BiocManager install.packages("B
Python180
R语言|绘制物种累计曲线

R语言|绘制物种累计曲线

物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,
Python230
R语言|绘制物种累计曲线

R语言|绘制物种累计曲线

物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,
Python120
R语言 RDA分析(去冗余物种)

R语言 RDA分析(去冗余物种)

也做了挺多次RDA分析,自己现在小结一下RDA分析流程: 就我个人而言,虚线前面都是不太经历的步骤,我一般不会主动删去样品的环境信息,因为我接触的菌群这块本来就没有什么多余的环境信息-_-||,所以我的重点放在怎么去除多余OTU或菌群上
Python150
怎么用r语言进行dna菌群多样性分析

怎么用r语言进行dna菌群多样性分析

基因测序分析微生物菌群结构 NA是什么意思微生物群落测序是指对微生物群体进行高通量测序,通过分析测序序列的构成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。借助不同环境下微生物群落的构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之
Python160
派森诺ASV数据在哪下载

派森诺ASV数据在哪下载

通过基因云获取文件的项目:在下载链接中,下载“各分类学水平分类单元丰度表”。派森诺基因云在对微生物群落进行研究时,除了分析不同群落样本之间在微生物群落组成、功能上的差异外,往往还想了解,具体有哪些因素会影响微生物群落,使其组成和功能发生变化
Python210
《数量生态学:R语言的应用》第二版阅读笔记2

《数量生态学:R语言的应用》第二版阅读笔记2

对于我们的物种数据,通常具有相同的刚量,通常是正值和零,对这样的数据几种简单的转化函数,可以降低极大值的影响: 简单转化只是对数值进行独立的处理,而标准化是数值之间的处理。 这些标准化过程是否正常运行?最好利用绘图函数或总结函数密
Python180
R语言中有哪些取整运算?

R语言中有哪些取整运算?

R语言中取整运算主要包括以下五种:floor():向下取整;ceiling(): 向上取整;round(): 四舍五入取整;turnc(): 向0取整;signif(): 保留给定位数的精度。floor返回对应数字的'地板
Python4010
生物等效名词解释

生物等效名词解释

生物等效性(bioequivalency , BE )是指一种药物的不同制剂在相同实验条件下,给予相同的剂量,其吸收速度与程度的主要药物动力学参数无统计学差异。当吸收速度的差别没有临床意义时,某些药物制剂其吸收程度相同而速度不同也可以认为生
Python170
怎么用r语言进行dna菌群多样性分析

怎么用r语言进行dna菌群多样性分析

基因测序分析微生物菌群结构 NA是什么意思微生物群落测序是指对微生物群体进行高通量测序,通过分析测序序列的构成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。借助不同环境下微生物群落的构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之
Python290
R语言 RDA分析(去冗余物种)

R语言 RDA分析(去冗余物种)

也做了挺多次RDA分析,自己现在小结一下RDA分析流程: 就我个人而言,虚线前面都是不太经历的步骤,我一般不会主动删去样品的环境信息,因为我接触的菌群这块本来就没有什么多余的环境信息-_-||,所以我的重点放在怎么去除多余OTU或菌群上
Python100
R包vegan的Mantel tests

R包vegan的Mantel tests

R包vegan的Mantel testsMantel tests是确定两组距离测度矩阵(而非两组变量矩阵)之间相关性的相关性测试方法,用于判断一个矩阵中的样本距离与另一矩阵中的样本距离是否相关。Mantel tests零假设为响
Python180
R语言|绘制物种累计曲线

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物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,
Python100
R语言|绘制物种累计曲线

R语言|绘制物种累计曲线

物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,
Python140
R语言|绘制稀释曲线

R语言|绘制稀释曲线

alpha多样性指数的大小是与使用的ASVOTU表的抽平深度有关,为探究样本alpha多样性随抽平深度的变化曲线,可绘制稀释曲线(rarefaction curve),这是生态领域的一种常用方法。 稀释曲线通过从每个样本中随机抽取一定
Python570