R语言|绘制物种累计曲线

Python016

R语言|绘制物种累计曲线,第1张

物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度，在生物多样性和群落调查中，被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。

一般而言，在样本量较少的情况下，随着样本数量的增加，将有较大可能性发现大量新的物种，此时曲线呈急剧上升状态；当样本数量已经较大时，此时群落中的ASV/OTU总数将不再随着样本数量增加而显著增加，曲线将趋于平缓。

因此，通过物种累积曲线可以判断样本量是否充分：若曲线始终保持上升趋势，则表明样本量不足，反之，则表明样本量已足以反应群落的物种组成。在样本量充分的前提下，运用物种累积曲线还可以对物种丰富度进行预测。

下面我使用R脚本，vegan包对ASV/OTU丰度矩阵中每个样本所对应的SAV/OTU总数绘制specaccum物种累计曲线。

1.调用vegan包，读取物种数据；

2.使用 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线；

3.作图展示。

如图，随着取样样本数量逐渐增加，所观测到的物种种类也不断增加。当曲线趋近平缓时，代表群落中的物种接近全部被观测到；反之不饱和，还需继续观测更多的样本数量。

我们目前预览的图看，图例和图区严重重叠。是因为绘图区空间的限制。我们只需在图片输出时调置图片宽大于高即可解决。

除了颜值高点，看着都费劲啊，可读性不如 堆积图 。

这不是科学应有之道，不可盲目追求花里胡哨的莫须有，而应求真求实。