R数据可视化7:气泡图 Bubble Plot气泡图(Bubble Plot)就是由一个个像气泡元素组成的图,和普通的散点图不同,该图可以展示三维甚至四维信息,如下图: 点的位置即其横纵坐标分别代表了Weight和Height,气泡的大小代表了Age,颜色代表了不同个体。2023-02-27Python180
【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题前面我给大家详细介绍过☞GO简介及GO富集结果解读 ☞四种GO富集柱形图、气泡图解读 ☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图 ☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图 ☞DAVID G2023-02-27Python110
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《R语言实战》自学笔记66-气泡图数据准备 气泡图(bubble plot):在二维散点图的基础上,用点的大小来代表第三个变量的值。 symbols()函数来创建气泡图。该函数可以在指定的(x, y)坐标上绘制圆圈图、方形图、星形图、温度计图和箱线图。 symb2023-02-27Python160
「GO富集分析」从原理到实践 ~ 零基础掌握原本,我并无写这一稿件的想法。主要原因有二: 如果要找合理解释,那么针对第一点,就是每天仍然有大量新接触生信数据分析的朋友;针对第二点,......在前两天我推的文稿《零基础快速完成基因功能注释GOKEGGPFAM..2023-02-27Python160
R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换ID转换用到的是 bitr() 函数,bitr()的使用方法: org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型keytypes() :keytypes(x),查看注释包中可以使用的类型columns() :2023-02-27Python140
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R语言可视化之ggplot2——KEGG通路富集分析之前分享了如何用ggplot2可视化GO分析的结果。既然做了GO,当然少不了KEGG了。 同样的,我们从 DAVID 获取KEGG pathway的结果。 对于KEGG,我比较喜欢做气泡图,这样用两种形式的图结合在一起,效果更丰富更2023-02-27Python100
【R语言】--- 直方图直方图(Histogram),又称质量分布图,是一种统计报告图,由一系列高度不等的纵向条纹或线段组成,表示数据分布的情况。 一般用横轴(X轴)表示数据类型,纵轴(Y轴)表示分布(相应值的频数)情况。 绘制直方图,首先要对数据进行分组,然2023-02-27Python150
用topGO进行GO富集分析topGO是一个半自动的GO富集包,该包的主要优势是集中了好几种统计检验的方法,目前支持的统计方法如下:BiocManager::install('topGO')需要R的版本为>=2.10,但2023-02-27Python120
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《R语言实战》自学笔记66-气泡图数据准备 气泡图(bubble plot):在二维散点图的基础上,用点的大小来代表第三个变量的值。 symbols()函数来创建气泡图。该函数可以在指定的(x, y)坐标上绘制圆圈图、方形图、星形图、温度计图和箱线图。 symb2023-02-26Python230
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R语言跑kegg报错,这是为什么呢运行后一直出现这个Reading KEGG annotation online: fail to download KEGG data... Error in download.KEGG.Path 按照Jimmy老师的办法,还是解决不了2023-02-26Python90
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R语言跑kegg报错,这是为什么呢运行后一直出现这个Reading KEGG annotation online: fail to download KEGG data... Error in download.KEGG.Path 按照Jimmy老师的办法,还是解决不了2023-02-26Python110