R语言|绘制物种累计曲线

R语言|绘制物种累计曲线

物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,
Python150
R语言实现bootstrap和jackknife检验方法

R语言实现bootstrap和jackknife检验方法

写在最前面: 首先需要说一下,本文的bootstrap和jackknife都算是蒙特卡罗方法(Monte Carlo method)的一种。应用广泛的的MCMC链(马尔可夫链蒙特卡洛方法Markov chain Monte Carlo
Python160
r软件中,能够实现两端用gpd分布,中间用经验分布函数吗

r软件中,能够实现两端用gpd分布,中间用经验分布函数吗

样本分布函数:总体的分布函数称为总体分布函数.从总体中抽取容量为n的样本,得到n个样本观测值,设其中互不相同的观测值由小到大依次为, 则有频率分布表定义样本分布函数。设x1,x2,…,xn是总体(离散型、或连续型,分布函数F(x)未知)的n
Python160
R语言常用函数(基本)

R语言常用函数(基本)

vector:向量 numeric:数值型向量 logical:逻辑型向量 character;字符型向量 list:列表data.frame:数据框 c:连接为向量或列表 sequence:等差序列 rep:重复 length
Python120
2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1

2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1

下游分析 cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果,如果需要进一步分析聚类细胞,还需要进行下游分析,这里使用官方推荐 R 包(Seurat 3.0) 流程参考官方外周血分析标准流程( https:sat
Python120
R语言的功能

R语言的功能

R是一套完整的数据处理、计算和制图软件系统。其功能包括:数据存储和处理系统;数组运算工具(其向量、矩阵运算方面功能尤其强大);完整连贯的统计分析工具;优秀的统计制图功能;简便而强大的编程语言:可操纵数据的输入和输出,可实现分支、循环,用户可
Python150
R语言初学笔记:差异表达基因

R语言初学笔记:差异表达基因

setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ
Python640
R语言中特殊值NaN、Inf 、NA、NULL

R语言中特殊值NaN、Inf 、NA、NULL

1. NaNR中的无定义数用NaN表示,即“Not a Number(非数)”。 不过在R中,R实际上是把NaN视作一个数的,当其参与运算时,返回结果总是NaN。我们可以使用is.nan()函数来检测计算结果有无定义,但是需
Python140
R语言pairs不能用于类变量吗

R语言pairs不能用于类变量吗

可以用pairs生成一个配对的散点图矩阵,矩阵由X中的每列的列变量对其他各列列变量的散点图组成,得到的矩阵中每个散点图行、列长度都是固定的。这个我查了下觉得应该是这么回事:iris首先是个数据框,数据框可以看做是矩阵的推广,也可以看成是特殊
Python120
R语言实现bootstrap和jackknife检验方法

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写在最前面: 首先需要说一下,本文的bootstrap和jackknife都算是蒙特卡罗方法(Monte Carlo method)的一种。应用广泛的的MCMC链(马尔可夫链蒙特卡洛方法Markov chain Monte Carlo
Python120
r语言cv.glmnet的lambda.1se怎么计算出来的

r语言cv.glmnet的lambda.1se怎么计算出来的

将解释变量的系数加入到Cost Function中,并对其进行最小化,本质上是对过多的参数实施了惩罚。而两种方法的区别在于惩罚函数不同。但这种微小的区别却使LASSO有很多优良的特质(可以同时选择和缩减参数)。1. 算数平均数(arithm
Python160
R语言里面的因子

R语言里面的因子

R语言中的因子确实不好理解,很多人都这么觉得。在R语言中,因子(factor)表示的是一个符号、一个编号或者一个等级,即,一个点。例如,人的个数可以是1,2,3,4......那么因子就包括,1,2,3,4.....还有统计量的水平的时候用
Python110
R语言绘制配对样品箱线图

R语言绘制配对样品箱线图

配对箱线图,常见于配对样本的数据分析中。 例如下图示例,为了研究某些基因在肿瘤组织和正常组织中是否具有表达量的显著不同,在取样时,往往会在同一患者个体中同时获取肿瘤和临近正常组织,两个组织样本就是配对关系。当然在这类研究中,往往需要调查
Python140
R语言常用函数(基本)

R语言常用函数(基本)

vector:向量 numeric:数值型向量 logical:逻辑型向量 character;字符型向量 list:列表data.frame:数据框 c:连接为向量或列表 sequence:等差序列 rep:重复 length
Python130
R语言操作——TCGA数据处理

R语言操作——TCGA数据处理

获取表达矩阵,处理TCGA的count数据,1表示为行。 导入数据 加 ENTREZID列,用于富集分析(symbol转entrezid,然后inner_join) 转化空格为NA 用花花的专属TCGA包,ID进行转换
Python100