GEOquery 包使用指南
GEO（The NCBI Gene Expression Omnibus）是NCBI专门储存高通量测序的库。如基于芯片数据（mRNA、DNA、蛋白丰度），蛋白质质谱数据和高通量测序数据。
GEO数据主要有4种基本类型。Sample, Platform 和 Series是由作者上传的数据，dataset是由GEO官方从做和提交的数据整理出来的。
## 1.1 Platforms
GEO 号：GPLxxx。
芯片的组成信息，例如 cDNAs, oligonucleotide probesets, ORFs, antibodies 。或者其它定量检测平台信息，例如SAGE tags, peptides。
## 1.2 Samples
GEO 号: GSMxxx
描述单个样本信息，处理步骤、处理条件以及实验测得的结果。一个样本可能属于多个研究（Series）。
## 1.3 Series
GEO 号：GSExxx
涉及同一个研究的记录，包括处理过的数据、总结和分析；信息可以从GSEMatrix文件解析快速得到。
##1.4 Datasets
GEO 号：GDSxxx
一套经过整理的GEO 数据集。每套数据都是可以进行生物学或者统计学上比较的样本，是GEO自带工具进行数据分析和展示的基础。一个 GDS数据集来自同一个平台，数据分析和标准化都具有一致性。
getGEO 函数可以从GEO官网获取数据或者将固定格式数据解析为R格式的数据。
GEOquery 数据结构大致分为两类。第一种是GDS, GPL和GSM,他们的操作和数据类型差不多；第二种是GSE，GSE数据是由GSM和GPL整合而成。
## 3.1 GDS, GSM 和 GPL
这些数据类组成
可以使用show()查看这些数据类。
##3.2 GSE类
GSE类组成：
GEO datasets与limma 数据结构MAList 和Biobase数据结构 ExpressionSet比较相似。可以相互转换：
## 4.1 Getting GSE Series Matrix files as an ExpressionSet
GEO Series是一套实验数据的集合，有SOFT，MINiML格式文件，以及一个 Series Matrix File(s)文本。Series Matrix File是tab-delimited text， getGEO 函数可以解析，解析结果就是ExpressionSets。
一个GSE下如果存在多个GPL测序，筛选特定的GPL数据；GSE会有多个列表 gset[[idx]]
##4.2 Converting GDS to an ExpressionSet
##4.3 Converting GDS to an MAList
ExpressionSet不包含注释信息， getGEO 可以帮助我们获取。
与ExpressionSet不同，the limma MAList 包含基因注释信息。上面的gpl包含注释信息。
MAList不仅包含数据，还包含样本信息，和注释信息。
4.4 Converting GSE to an ExpressionSet
GSE转换成ExpressionSet
这个GSE包含两个GPLs，GPL96 和 GPL97。
筛选使用GPL96 的GSM。
获取表达矩阵：
构造ExpressionSet
##6.1 Getting all Series Records for a Given Platform
英文版原文见：[Using the GEOquery Package
用limma包，这里注意，limma包是对基因芯片表达矩阵的分析，不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析（因为数据特征不同），RNAseq需要用另一种方法
解读此表
但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较，所有还有下一种方法
处理好了分组信息，再自定义比较元素
自定义函数进行比较
热土和火山图都是傻瓜式的，只要的前面得出的deg数据(也就是基因差异表达数据）是正确的
