1.打开文件,输入几组具有线性关系的数据。
2.用鼠标选中这些数据,点击菜单栏中的“插入”选项。
3.在插入菜单中,选择一种散点图。
4.右击图表中的散点,在其右键菜单中点击“添加趋势线”选项。
5.在出来的页面中,选择“线性”,勾选“显示公式”选项,关闭窗口。
6.完成以上设置后,即可用excel制作线性关系图图表。
非度量多维标度(NMDS)分析
非度量多维标度(Non-metric Multidimensional Scaling,NMDS)是一种将多维空间的研究对象(样本或变量)简化到低维空间进行定位、分析和归类,同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。
与PCoA相似,NMDS都使用样本相似性距离矩阵进行降维排序分析,但NMDS侧重反映距离矩阵中数值的排序关系,NMDS图形常用作微生物群落研究的β分析。
来看看R的vegan包和ggplot2包是如何绘制NMDS图的。
使用数据文件如下:
①otu_table.txt
②group.txt
方法如下:
1.调用vegan包metaMDS()函数执行NMDS,读取数据;
2.根据物种组成计算样方距离,如 Bray-curtis 距离;
3.NMDS 排序,定义 2 个维度;
4.提取应力函数值、样方得分,查看主要结果;
5.物种变量可通过丰度加权平方被动添加至排序图中;
6.使用ggplot2包作图。
在这里给你举一个实例,下面我要作出数据a的三个分布图:a<-rnorm(100)
#卡方分布图
b<-dchisq(a,1) #变换为卡方分布
hist(b)
#t分布图
c<-dt(a,1,0)#变换为t分布
hist(c)
#F分布图
d<-df(a,1,1,0)#变换为f分布
hist(f)