r语言如何绘制带标准误的线性关系图

Python028

r语言如何绘制带标准误的线性关系图,第1张

r语言绘制带标准误的线性关系图

1.打开文件,输入几组具有线性关系的数据。

2.用鼠标选中这些数据,点击菜单栏中的“插入”选项。

3.在插入菜单中,选择一种散点图。

4.右击图表中的散点,在其右键菜单中点击“添加趋势线”选项。

5.在出来的页面中,选择“线性”,勾选“显示公式”选项,关闭窗口。

6.完成以上设置后,即可用excel制作线性关系图图表。

非度量多维标度(NMDS)分析

非度量多维标度(Non-metric Multidimensional Scaling,NMDS)是一种将多维空间的研究对象(样本或变量)简化到低维空间进行定位、分析和归类,同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。

与PCoA相似,NMDS都使用样本相似性距离矩阵进行降维排序分析,但NMDS侧重反映距离矩阵中数值的排序关系,NMDS图形常用作微生物群落研究的β分析。

来看看R的vegan包和ggplot2包是如何绘制NMDS图的。

使用数据文件如下:

①otu_table.txt

②group.txt

方法如下:

1.调用vegan包metaMDS()函数执行NMDS,读取数据;

2.根据物种组成计算样方距离,如 Bray-curtis 距离;

3.NMDS 排序,定义 2 个维度;

4.提取应力函数值、样方得分,查看主要结果;

5.物种变量可通过丰度加权平方被动添加至排序图中;

6.使用ggplot2包作图。

在这里给你举一个实例,下面我要作出数据a的三个分布图

a<-rnorm(100)

#卡方分布图

b<-dchisq(a,1) #变换为卡方分布

hist(b)

#t分布图

c<-dt(a,1,0)#变换为t分布

hist(c)

#F分布图

d<-df(a,1,1,0)#变换为f分布

hist(f)