安装RStudio分步阅读
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在官网上下载安装文件，双击打开，进入到安装RStudio欢迎界面，点击下一步
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选择RStudio安装位置，这里选E盘下的RStudio文件夹，然后继续下一步
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接着选择开始菜单文件夹名称，可以使用默认的名称，点击安装
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安装完毕后，点击完成，并在开始菜单找到RStudio
查看RStudio
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打开RStudio工具，进入到主界面，Console是控制台，可以输入R语言命令
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切换到Terminal（终端），可以在窗口中输入系统命令（cmd）
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在右侧环境旁边，有个History选项卡，可以查看已输入语句或命令
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在右下方几个选项卡中，Help是帮助文档菜单，可以根据关键字查看帮助
新建R项目
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点击RStudio工具左上方的File菜单，选择New Project，打开新建项目窗口
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选择New Directory，在一个文件目录（文件夹）中，即是选择项目类型
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输入项目名称dmn，然后选择项目放置的路径，点击Create Project
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接着点击File菜单，依次操作New File--->R Script，创建R语言脚本
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新建一个脚本文件，可以输入相关的R语言代码，然后进行保存
总结
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1、安装RStudio
2、查看RStudio
3、创建R语言项目
4、新建R语言脚本
注意事项
注意rstudio使用方法
注意rstudio进行R语言调试、可视化
开始一个新的R语言数据分析新项目，管理脚本、图片、文件的推荐方式：打开Rstudio，新建Rproject，新建脚本（脚本存放在生成的Rproject文件夹中）。
若要逆着优先顺序操作，将返回NA
x %in%y是判断x中的每一个元素是否在y中存在。
若x和y长度不一致，返回x个TRUE或者FALSE。
⚠️练习：按如下方式生成test数据框，提取test中，最后一列值为a或c的行，组成一个新的数据框，赋值给test2。
这里如果使用==来判断，就相当于拿test$n的15个值与c('a','c')的2个值来一一对应着比对，因为两者长度不同，会发生循环补齐，其效果如下图，明显不是我们想要的结果。
x%in%y：选出x是y中一个值时的所有行
另：取交集、差集、并集的函数为：intersect(x,y)、union(x,y)、setdiff(x,y)、setdiff(y,x)
match函数的用法参考： https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/84927296
使用match函数修改矩阵的信息
方法1--设置CRAN镜像：打开R studio，点击tools--global option--packages，选择Package CRAN reposotory。
方法2--设置CRAN和bioconductor镜像
用于读取/导出文件的R包
rio可以不用区分读入文件类型，大部分文件可直接用import()读取。
@ 是R中，S4类的一个操作符， 用于提取S4对象中的内容（slot） ，比如：
这个时候$是不起作用的，因为被S4类重写了。可以自己定义$的行为。
⚠️： matrix不能直接用$取列
⚠️因此如果想取数据框中的部分行，在方括号中直接输入行数即可，返回的仍然是数据框。但如果加了逗号，会丧失数据框的格式，也就是会使数据框的行名（往往是基因名）丢失。
后面存图时可以用paste0连接GSE编号和图片类型及后缀，这样不同数据的分析得到的图片名就跟数据相一致。
通过将变量因子化来设置柱条的顺序
有点复杂啊。。。这么短讲不清楚。。。我写的仅供参考，以R官网的说法为准。一般先点右上角新建一个project（一般是new directory），类型是package，其他设置看自己喜好啦。然后要填写DESCRIPTION，比如作者、概述、包的版本、license、依赖哪些包、建议同时装哪些包……函数如果都是用R语言写的话（没有用C/C++/Fortran/……来实现部分功能），就把.R文件都放到R目录底下。帮助文档（就是可以用help(function)调出来的文档）我比较建议用roxygen2包来做，直接在.R文件里按照特定的格式写文档（去这个包的网站看一下格式），然后在包的目录底下在R里运行roxygen2::roxygenize()，就直接把文档写到man目录下了，顺便NAMESPACE也一块儿自动写了，之后要改文档的话重新运行就行了。
其他方面：vignnettes之类的文档去网上找吧（考虑一下用好一点的搜索引擎o(╯□╰)o），这方面有一大堆东西可以写，当然也可以不写。还可以在包里自带数据集：把数据放在data目录下，关于数据的文档也可以在.R文件里写然后roxygenize。如果要用其他语言实现部分功能的话，去R的官网看怎么弄吧，我没用过这么高级的功能o(╯□╰)o。我还看到网上说有个叫packrat的东西可以用，好像是把依赖的包一起打包进新的包里。我没用过。
全部写好之后最好测试一下，比如在自己电脑里装上这个包试试，还可以在cmd/shell里运行R CMD check path/to/package/directory自动测试这个包（貌似windows系统下要装Rtools还要调一下系统的路径才能这么用，自己找一下吧）。
总之不是一篇回答就能说清楚的o(╯□╰)o，我自己也是花了好长时间在网上搜才把之前的包搞定的。
另外，作为一个project，可以考虑用一些版本控制的软件来帮忙，比如git、svn。用git的话可以直接放到github上面，别人就可以直接用devtools包里的函数装啦~如果想传到CRAN或者Bioconductor的话，对包的功能、稳定性、文档等的要求会比较高，我从没想过弄这些。
