R语言数据类型 :向量(vector);列表(list);矩阵(matrix);数组(array);因子(factor);数据框(data.frame)
详细介绍可参考 R 数据类型 | 菜鸟教程 (runoob.com)
R语言数据的导入
read.table(),从带分隔符"\t"的文本文件中读入,返回的是数据框。
col.names 指定列名的向量,c() 是一个创造向量的函数。
在shell下写R语言脚本 vim DESeq2.R ;运行脚本 Rscript DESeq2.R。
或者进入R,分别执行每行的命令
导出SY14_VSBY4742.csv所有基因的表格,可用于GSEA差异分析
导出SY14_up.csv,可用于GO、KEGG通路分析。
DESeq2提供两种数据标准化方法:VST (variance stabilizing transformations)和rlog (regularized logarithm)。
两种方法都使用了log2缩放,并且已经进行了library size 或其他normalization factors的校正,可能使用VST标准化后数据的标准差比较稳定。
从PC1主成分上看,样本聚类挺好的。