怎么用r语言分析rnaseq数据

Python021

怎么用r语言分析rnaseq数据,第1张

seq函数是产生序列用的他的用法是seq(from,to,by)或者是seq(下界,by=,length=) 下面是用r运行的结果 seq(2,6,2) [1] 2 4 6 seq(10,by=2,length=5) [1] 10 12 14 16 18

R语言数据类型向量(vector);列表(list);矩阵(matrix);数组(array);因子(factor);数据框(data.frame)

详细介绍可参考 R 数据类型 | 菜鸟教程 (runoob.com)

R语言数据的导入

read.table(),从带分隔符"\t"的文本文件中读入,返回的是数据框。

col.names 指定列名的向量,c() 是一个创造向量的函数。

在shell下写R语言脚本 vim DESeq2.R ;运行脚本 Rscript DESeq2.R。

或者进入R,分别执行每行的命令

导出SY14_VSBY4742.csv所有基因的表格,可用于GSEA差异分析

导出SY14_up.csv,可用于GO、KEGG通路分析。

DESeq2提供两种数据标准化方法:VST (variance stabilizing transformations)和rlog (regularized logarithm)。

两种方法都使用了log2缩放,并且已经进行了library size 或其他normalization factors的校正,可能使用VST标准化后数据的标准差比较稳定。

从PC1主成分上看,样本聚类挺好的。