R语言升级到3.6.0后遇到的Bioconductor安装问题

Python023

R语言升级到3.6.0后遇到的Bioconductor安装问题,第1张

目前R 3.6.1 都已经preRelease了,我笔记本上的电脑也赶忙把R从3.5.4升级到3.6.0(当然生产力相关环境还没敢乱升级,毕竟升级一次R语言还是容易碰到很多问题的,例如这次记录)。

在使用BiocManger安装一个包 minfi 的时候,报错:

这看起来明显就是升级了R但是还没升级BiocManger,因为我在升级R语言的时候, library 是没有变动的,导致我的包都是3.5版本的,所以第一件事就是需要更新BiocManager到3.9:

可以在旧版本上运行这两行命令:

library(installr)

updateR()

(installr包没装过的话要安装一下,升级后有一个选项大概意思是要不要将旧的包移到新版本中,选择yes)

我刚升级过,所有package都在

但是还有个问题啊,就是还是有小部分包和新版本的之间有一定的兼容性,需要调整