【R语言编程】---绘制带聚类树的丰度图（代码示例）

Python011

【R语言编程】---绘制带聚类树的丰度图（代码示例）,第1张

前言：接上一篇，很多文献中为了更直观的展示一个微环境中的菌群分布，常常将样本聚类与物种丰度同时展示。

1.数据结构

首先需要准备丰度数据表Abundance.txt和分组信息group.txt

丰度数据以样本为列名，以菌种为行名：

分组信息以列出了每个样本属于病例/对照组：

3.再画丰度图

丰度图其实就是堆叠图：

4.结果展示

finNum<-function(x){

    ind<-(x%%2==0)|(x%%3==0)

    out<-list(num=x[ind],howMany=sum(ind))

    return(out)

}