R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)

Python015

R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素),第1张

原文: R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)

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在前一章(TCGA生存分析)中,我们描述了生存分析的基本概念以及分析和总结生存数据的方法,包括:1.危险和生存功能的定义 2.为不同患者群构建Kaplan-Meier生存曲线用于比较两条或更多条生存曲线的logrank检验

但是上述方法--Kaplan-Meier曲线和logrank测试 - 是单变量分析的例子。他们根据调查中的一个因素来描述生存,但忽略了任何其他因素的影响。

此外,Kaplan-Meier曲线和logrank检验仅在预测变量是分类时才有用(例如:治疗A与治疗B男性与女性)。它们不适用于基因表达,体重或年龄等定量预测因子。

另一种方法是Cox比例风险回归分析,它适用于定量预测变量和分类变量。此外,Cox回归模型扩展了生存分析方法,以同时评估几种风险因素对生存时间的影响。

在临床研究中,存在许多情况,其中几个已知量(称为协变量)可能影响患者预后。

例如,假设比较两组患者:那些患者和没有特定基因型的患者。如果其中一组也包含较老的个体,则存活率的任何差异可归因于基因型或年龄或两者。因此,在研究与任何一个因素相关的生存时,通常需要调整其他因素的影响。

cox比例风险模型是用于对生存分析数据建模的最重要方法之一。该模型的目的是同时评估几个因素对生存的影响。换句话说,它允许我们检查特定因素如何影响特定时间点发生的特定事件(例如,感染,死亡)的发生率。该比率通常称为危险率。预测变量(或因子)通常在生存分析文献中称为协变量。

要一次将单变量coxph函数应用于多个协变量,请键入:

上面的输出显示了回归β系数,效应大小(作为风险比给出)和每个变量相对于总体生存的统计显着性。每个因素都通过单独的单变量Cox回归来评估。

1.计算两种资产的投资组合我们需要知道每种资产的期望和标准差。

2.然后根据两种资产所占的权重去计算组合的期望和标准差。

3.在R中先把需要的参数μ,σ,ρ写入mu<-c(10,15)sigma<-c(16,24)rho<-0.2,然后写入权重w1,w2,因为只有两个资产 其权重相加之和应该是1,所以有w1+w2=1,所以w1<-seq(0,1,0.01)w2<-1-w1

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seq表示一个sequence序列。

4.在此首相为0 尾项为1 一共有101项。

5.接下来设组合的期望和标准差。

6.然后写计算的方法,这里需要用到循环去计算在各种权重情况下的期望和标准差。

7.然后用绘图的函数plot进行绘制。

扩展:R语言

R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。

假设检验的原理 step1:把P值从大到小排序 step2:公式:p * (总数/p的位次) 【但是,得注意下一条的第一点,建议还是R直接一步到位】 1.如果某一个p值所对应的FDR值大于前一位p值(排序的前一位)所对应的FDR值,则放弃公式计算出来的FDR值,选用与它前一位相同的值。 2.P值都小于1。