如何在linux环境下使用r语言

Python012

如何在linux环境下使用r语言,第1张

1、下载

wget http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/src/base/R-3/R-3.0.1.tar.gz

2、解压：

tar -zxvf

R-3.0.1.tar.gz

cd R-3.0.1

3、安装 (当然也可以跳过)

yum

install readline-devel

yum install libXt-devel

./configure

4、 配置环境并编译安装

#

如果使用rJava需要加上 --enable-R-shlib

(这个我不需要，所以加入到后面)

# 如果3没安装, 那么后面加上： --with-readline=no

--with-x=no

./configure --prefix=/usr/R-3.0.1

make $$ make install

5、配置环境变量并生效

vi

.bash_profile

export R_HOME=/usr/R-3.0.1

export PATH=.:$R_HOME/bin:$PATH

# 试环境变量生效

source .bash_profile

6、 命令行测试

[admin@JD

software]$ R

WARNING: ignoring environment value of R_HOME

R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"

Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing

Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

R是自由软件，不带任何担保。

在某些条件下你可以将其自由散布。

用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。

R是个合作计划，有许多人为之做出了贡献.

用'contributors()'来看合作者的详细情况

用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。

用'demo()'来看一些示范程序，用'help()'来阅读在线帮助文件，或

用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。

用'q()'退出R.

>q()

7、创建脚本测试(t.R)

cd

/opt/script/R

vim t.R

#!/path/to/Rscript

#第一行

x<-c(1,2,3)

#R语言代码

y<-c(102,299,301)

model<-lm(y~x)

summary(model)

8、测试：执行脚本

R CMD BATCH

--args /opt/script/R/t.R

more

/opt/script/R/t.Rout

#查看执行的结果

或者第二种方式

Rscript

/opt/script/R/test.R

#结果直接输出到终端

#设置默认路径

#显示当前工作目录（软件默认使用工作目录）

getwd()

#修改默认工作目录

setwd(dir = "e:/Rwork/")

#提示工作目录

getwd()

#查看目录下包含的文件

list.files()

#或者

dir()

#R包安装

install.packages("vcd")

#显示库所在的位置

.libPaths()

#显示库里有哪些安装包

library()

#载入包

library(vcd)

#or

require(vcd)

#直接输入函数看某些函数来自于R的哪个包

#如何使用R包

help(package="vcd")

help(package="ggplot2")

#查看包的信息，列出R包的基础内容，显示内置的数据集的内容，给包中的函数作为案例来使用

library(help="vcd")

#还有一些包中的函数，是包的核心内容，扩展了R的功能

Arthritis

#列出包中所有包含的函数

ls("package:vcd")

#每个函数如何使用查看对应帮助文档

#列出R包中包含的所有数据集

data(package="vcd")

#使用完一个包之后，将包从内存中移除

detach("package:vcd")

#再使用

Arthritis

#会出现报错：需要重新再加载

#删除已安装的包

remove.packages("vcd")

#会将R包从硬盘上彻底删除，无法继续使用了，用得不多

#R包的批量移植（更换新设备）

#列出当前环境中已安装的R包

installed.packages()

#取第一列,,,使用下标来访问数据框的第一列

installed.packages()[,1]

#将所以R包名字保存到一个文件中

Rpack<- installed.packages()[,1]

save(Rpack,file = "Rpack.Rwork")

#将这个文件移到另一个设备上

#在另一个设备上使用load函数打开这个文件

#存到另外一个变量Rpack中

#看到这些R包

#Rpack

#批量安装这些R包

#使用一个for循环

for(i in Rpack)install.packages(i)

#如何获取R的帮助信息

help.start()

#查看某个函数的功能

help(sum)

#or

?plot

?sum

#快速了解函数参数而不想查阅详细文档

args(plot)

#查看函数使用案例

example(mean)

example("hist")

#列出R的一些案例图

demo(graphics)

#查看R安装的某个包的帮助文档

help(package=ggplot2)

#有些R包包含vignette文档，这中文档包含更多内容，也更加规范，里面有简介、教程、开发文档等

vignette()

#不是每个包都包含这种格式的文档

vignette("xts")

#有时安装了某包但使用help命令搜索不到相关函数，是因为没有载入这个包

#需用使用library函数载入这个包

#载入之后才能使用help函数找到相关文档

#或者直接在help命令中加上package选项  等于  要搜索R包的名字，这种方法比较麻烦

#？？接要搜索函数名字，这种情况下不加载包也可以

#有些情况下，不知道具体的函数名，只能模糊搜索

#查找与绘制热图相关的帮助信息(使用这条命令进行本地搜索)

help.search(heatmap)

#提示搜索不到

#因为需要加上引号

help.search("heatmap")

#搜到stats包中的heatmap函数，可以用来绘制热图

#help.search("heatmap")也可以简写成下面一条命令

??heatmap#不需要加引号

#列出所有包含关键字的内容

apropos("sum")

#可以通过mod参数调整查询的内容

apropos("sum",mod="function")#只列出函数

#help.search或？？都是进行本地的文档搜索

#有时搜索不到或者文档太老了可以使用RSiteSearch()函数进行网络搜索

RSiteSearch(matlab)

#运行函数会使用默认浏览器来访问R官网，在官网中进行搜索，列出更多的结果

#可以利用搜索引擎进行问题搜索