linux服务器安装R语言及Rstudio server

Python0133

linux服务器安装R语言及Rstudio server,第1张

在linux服务器上使用R语言及Rstudio server

cat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz

checking for rl_callback_read_char in -lreadline... no

configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available

configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages

6.安装

make

make install

安装成功!

R #在命令行直接输入“R”即可进入R 编辑。

q() ##退出R编辑

7.安装R-studio-server

wget https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm

yum install rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm

8.R-studio-server的一些命令

rstudio-server start ##启动 rstudio

rstudio-server stop ## 关闭rstudio

rstudio-server status ## 查看rstudio 运行状态

运行rstudio-server status出现 “Active: active (running) ” 表示rstudio 已启动

rstudio-server verify-installation ## 查看rstudio 安装错误

rstudio-server restart ##重启

ifconfig ##查看服务器ip地址。

查看运行中R进程

rstudio-server active-sessions

指定PID,停止运行中的R进程

rstudio-server suspend-session <pid>

停止所有运行中的R进程

rstudio-server suspend-all

强制停止运行中的R进程,优先级最高,立刻执行

rstudio-server force-suspend-session <pid>

rstudio-server force-suspend-all

RStudio Server临时下线,不允许web访问,并给用户友好提示

rstudio-server offline

RStudio Server临时上线

rstudio-server online

8.rstudio-server系统设置

主要有两个配置文件,默认文件不存在(非必要,可不做修改)

/etc/rstudio/rserver.conf

/etc/rstudio/rsession.conf

vi /etc/rstudio/rserver.conf

www-port=8080#监听端口,默认是8787,可以不做修改

www-address=127.0.0.0#允许访问的IP地址,默认0.0.0.0

rstudio-server restart

vi /etc/rstudio/rsession.conf

session-timeout-minutes=30#会话超时时间

r-cran-repos= http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN #CRAN资源库

rsession-which-r=/usr/local/bin/R ## 如果非root安装,更改R所在目录。

9.通过浏览器连接Rstudio-server

直接打开浏览器,输入http://<服务器ip>:8787 ## 如果修改过rserver.conf文件,后面的8787端口改为相应的端口即可。

这里需要我们输入用户名和密码。关于用户名有2点注意事项:

(1).不允许使用system 用户登陆,即用户ids小于100的用户。只能用普通用户登录

(2).用户的认证可以使用RSA。

如果没有普通用户,可以添加:

useradd newname # 添加一个名为newname的用户

passwd newname###给新用户newname 设置密码,密码需是复杂密码,否则可能通不过。

usermod -G happy newname ####将新用户newname添加到happy 用户组中,

在用useradd添加用户之后,在默认的情况下,该账号是暂时被封锁的, 也就是说,该账号是无法登录,须要用passwd命令来给新创建的用户设置密码之后才可以使用。

10可能存在的问题

10.1如果你的rstudio-server没有启动 很大程度是安装有误,这里我将我遇到的错误分享出来

rstudio-server verify-installation

There is a libR.so in /usr/lib/R/lib, but (weirdly) ls -l reveals that

it dates from the my previous install of R-3.5.1 for which I did not

configure with --enable-R-shlib.

这里就提到无法找到libR.so文件,原因是配置R语言文件时,没有加参数--enable-R-shlib.

这就必须要重新安装R语言。使用make uninstall 删除之前的安装,最好也删除R-3.6.1所在的文件夹,用“rm -r -f R-3.6.1".

使用rm 命令 -r 参数表示全部删除, -f 参数表示强制删除,不会提醒。 同时使用这两个参数要小心。

10.2 普通用户无法启动rstudio-server

sudo rstudio-server start## 以管理员方式执行命令

这时会需要输入密码并提示

xxx is not in the sudoers file.This incident will be reported.

如果不想出现上面的提示,就是给该用户提高权限,添加用户使用sudo的权利。

su root ###切换到root用户,如果有root权限的话。

chmod u+w /etc/sudoers ###添加sudo文件的写权限

vi /etc/sudoers ###编辑sudoers文件,添加权限。

找到这行 root ALL=(ALL) ALL,在他下面添加xxx ALL=(ALL) ALL (这里的xxx是你的用户名)

youuserALL=(ALL)ALL

%youuser ALL=(ALL)ALL

youuserALL=(ALL)NOPASSWD: ALL

%youuser ALL=(ALL)NOPASSWD: ALL

chmod u-w /etc/sudoers ##撤销sudoers文件写权限

2、解压:

tar -zxvf

R-3.0.1.tar.gz

cd R-3.0.1

3、安装 (当然也可以跳过)

yum

install readline-devel

yum install libXt-devel

./configure

4、 配置环境并编译安装

#

如果使用rJava需要加上 --enable-R-shlib

(这个我不需要,所以加入到后面)

# 如果3没安装, 那么后面加上: --with-readline=no

--with-x=no

./configure --prefix=/usr/R-3.0.1

make $$ make install

5、配置环境变量并生效

vi

.bash_profile

export R_HOME=/usr/R-3.0.1

export PATH=.:$R_HOME/bin:$PATH

# 试环境变量生效

source .bash_profile

6、 命令行测试

[admin@JD

software]$ R

WARNING: ignoring environment value of R_HOME

R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"

Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing

Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

R是自由软件,不带任何担保。

在某些条件下你可以将其自由散布。

用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。

R是个合作计划,有许多人为之做出了贡献.

用'contributors()'来看合作者的详细情况

用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。

用'demo()'来看一些示范程序,用'help()'来阅读在线帮助文件,或

用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。

用'q()'退出R.

>q()

7、创建脚本测试(t.R)

cd

/opt/script/R

vim t.R

#!/path/to/Rscript

#第一行

x<-c(1,2,3)

#R语言代码

y<-c(102,299,301)

model<-lm(y~x)

summary(model)

8、测试:执行脚本

R CMD BATCH

--args /opt/script/R/t.R

more

/opt/script/R/t.Rout

#查看执行的结果

或者第二种方式

Rscript

/opt/script/R/test.R

#结果直接输出到终端

一.准备安装所需要的软件:

1.VMware虚拟机的下载和安装在我的博客中已经提到,这里就不再详细阐述。

2.下载一个redhat,因为redhat已经商业化了,推荐大家使用centos,如果自己有合适的linux安装版本,可以不使用这个。

二.在VMware虚拟机为RedHat Linux创建新的虚拟机 :

1.打开虚拟机,选择新建虚拟机:

2.选择自定义(这里选择典型可能会在安装过程中出现一个硬件找不到的错误,所以推荐选择自定义),然后点下一步:

3 作系统选择linux,版本不用修改:

4.命名,并选择虚拟操作系统的存放位置(位置所在硬盘空间最好大于5G):

5.给虚拟机分配内存(这个自己看情况,我的电脑内存是512,给虚拟机分配了256)

6.选择虚拟机网络类型(推荐使用桥接网络)

7.选择磁盘类型,这里选择IDE(这也是第三步选择自定义的原因,因为选择典型的话,系统会自动选择SCSI硬盘,而有的linux,主要是早的linux版本,不能使用SCSI硬盘,所以才会出现没有发现硬盘的错误)

8.指定磁盘容量(推荐大小为8g,基本够用了)

二、安装linux系统就很简单了,网上也有很多的教程。虚拟机和真实服务器基本么有什么差别。

三、linux下安装程序

1.yum 安装 直接敲yum install 后面跟软件名称,linux系统会自动到yum源上寻找你所要安装的软件,以及它所需要的依赖关系的软件等

2.rpm安装 也是直接敲rpm install后面跟软件名称,系统会到rpm源上寻找软件,但是可能会提示在安装它之前还需要安装其他的软件,yum会直接帮你安装,但是rpm不会,你需要自己安装

3.源码包安装相对于yum和rpm安装。源码包安装比较麻烦,但是它相当于软件的定制版,你可以设定安装目录及安装参数等等,比较自由。