三元相图怎么看怎么画(附R代码示例)

Python013

三元相图怎么看怎么画(附R代码示例),第1张

三元图是重心图的一种,它有三个变量,但需要三者总和为恒定值。在一个等边三角形坐标系中, 图中某一点的位置代表三个变量间的比例关系 。在群体遗传学中,它被称做Finetti图;在博弈论中,常被称为simplex图。

在高通量测序分析领域中,最常用的是两组间的比较,展示的方式有火山图、曼哈顿图等,而三组互相两两比较需要展示三个图吗?就没有更好的展示方式了吗?三元图的引入解决了这一问题。近年来,常用于展示三组间的相对基因表达或OTU丰度,即美观,又有意义。

常用三角形来表示三元合金的成分,这样的三角形称为浓度三角形或成分三角形(CompositionTriangle)。常用的成分三角形是等边三角形和直角三角形以及等腰三角形。是应用最为广泛的还是等边三角形,这里也主要介绍等边三角形的三元相图

如图所示:

oa+ob+oc=AB=BC=CA

由于oa=bC=WA

ob=Ac=WB

oc=Ba=WC

因此,可用

oa代表A组元的含量,

ob代表B组元的含量,

oc代表C组元的含量。

所以你需要画一个等边三角形还模拟一下,需要注意的是箭头的方向,还有就是三角形是等边的很是对称,所以要把字母标好。相信我,你会乱的,然后就好了。

垂线法:点向三条边做垂线,穿越的格数,即对角组中所占比例;

向各边零坐标方向作平行线法:按坐标系组的颜色和数值直接读各组比例;

当然,我们就介绍集中R做的三元相图。

用来作图的数据是这样的:

喜欢(习惯)ggplot的朋友可能会更加喜欢ggtern包。它是基于ggplot2的,参数设置方面也是一致的。

如果变量较多可采用核密度估算,并使用轮廓显示结果.

如果你想一步一步地构建一个三元相图那么Ternary也许是一个不错的选择。

Ternary plot

百科三元相图

扩增子图片解读7三元图:美的不要不要的,再多用也不过分

Creating ternary plots with Ternary

DRAFT Triad Data Visualizations: Part 1

Legends (ggplot2)

3DM simplex硬盘版到底怎么用?或者说这是假资源?最新的V6版本,中文免安装版,全部下载后直接解压就可以玩了,不过记得玩之前一定要先安装游戏目录里的RGSC软件,要不然游戏是不能运行的。我再次重申一下,游侠我不能保证,但3dm网站的GTA5资源是不可能被关闭的!我这个资源就是3dm的官方资源,你如果没有去找就不要说已经关闭了这种话!第一次解压有很多分卷(a、b、c、d、e...等),这时候需要全部选中再进行解压(解压过程中提示重复的全部覆盖)。解压出来之后的文件夹里面会有和之前的分卷数量相同的同名压缩包,这时候解压其中一个即可。得到的文件夹里选择simplex这个exe运行,就开始安装游戏了。把最初下载下来的解压包解压了,会出很多个zip文件。然后,全选所有解压包,同时解压到一个文件夹里面,这时候才会出分卷,r01 r02 之类的。最后再从这些分卷里面解压如果单独解压一个zip,后面的解压包不会自动跟上的,只会解压出这个单独解压包的部分文件。总之就是,每个分卷都被单独压缩了,而且这个压缩是独立的,所以要手动来搞。 钢铁雄心4 simplex版 起码是这样解压的。

LINGO是一种综合工具,旨在使构建,求解线性,非线性(凸和非凸/全局),二次,二次约束,二阶锥,半定值,随机和整数优化模型更快,更轻松,更高效。LINGO提供了一个完全集成的软件包,其中包括用于表达优化模型的强大语言,用于构建和编辑问题的全功能环境以及一组快速内置的求解器。

最新发布的LINGO 18.0包括许多重要的增强功能和新功能。

改进的Simplex解算器在线性模型上具有更好的性能:

对Simplex解算器的增强,增强了线性模型的速度。使用原始单纯形法,模型求解速度平均快18%,对于双重单纯形法,模型求解速度快15%。

大型二次模型上的速度明显加快:

改进了处理大型二次矩阵(例如1000 x 1000)的性能,极大地提高了性能,解决了金融组合和其他二次模型。

具有不连续函数的模型的改进处理:

可以更快速地解决使用不连续函数(例如MOD(x,k),INT(x),ROUND(x))的模型。

使用不同解算器同时解算LP时更快:

在可能难以预测Primal,Dual或Barrier解算器将为线性模型提供最快解决方案的情况下,改进的Multi-Core功能可让您将每个解算器分配给一个求解器。分离核心并同时

运行它们。因此,无论哪种求解器最快,都可以确保在最短的时间内解决问题。

多启动NLP求解器现在支持目标值:

用户可以为目标函数指定目标值。一旦任何多启动线程达到指定的目标,所有线程就会停止。

最新的建模语言和功能增强功能:

-新的图表功能:甘特图,垂直堆叠条形图,水平堆叠条形图。

-用于从LINGO的R统计信息包执行命令的新功能。

-能够在CALC部分中中断求解器,但是可以继续执行CALC。  

-新的算术功能:用于热交换器和非线性网络模型的@ SIGNPOWER,@ LMTD和@RLMTD。

-新的求解器日志选项:启用求解器日志,设置其输出级别。