R语言:截取细菌分类信息门、科、属

Python010

R语言:截取细菌分类信息门、科、属,第1张

data.txt

思路:

1 strsplit切割,切割后的结果是列表格式,用unlist转成数组

2 用paste(c(), collapse="_")把菌科菌属粘贴到一起

paste(a, b, sep="")是另一种用法

3 门信息单独提取

4 利用循环把结果收集到new_name phylum

菌科_菌属:

PCR数据要有三列,一列是组名,一列是内参基因的CT值,一列是目的基因的CT值,计算方法是-2 ∆∆Ct 法,实现一步出图用的是 ggpubr ,实现截断则是Y叔出手的 ggbreak

以前很少有包可以完美实现这个功能,我以前写过 R做截断柱状图并加显著性统计 可以实现,但Y叔出手写了个 ggbreak 包,完美的就解决了

其实还有一个 pcr 的包也能简单实现,而且自动计算mRNA相对表达定量,而且对照组定量是1,更加科学,但是表格只是两列CT值,还要重新定义组,所以要先提取一下表格,处理一下数据。

也可以截断,还是 ggbreak