data.txt
思路:
1 strsplit切割,切割后的结果是列表格式,用unlist转成数组
2 用paste(c(), collapse="_")把菌科菌属粘贴到一起
paste(a, b, sep="")是另一种用法
3 门信息单独提取
4 利用循环把结果收集到new_name phylum
菌科_菌属:
PCR数据要有三列,一列是组名,一列是内参基因的CT值,一列是目的基因的CT值,计算方法是-2 ∆∆Ct 法,实现一步出图用的是 ggpubr ,实现截断则是Y叔出手的 ggbreak
以前很少有包可以完美实现这个功能,我以前写过 R做截断柱状图并加显著性统计 可以实现,但Y叔出手写了个 ggbreak 包,完美的就解决了
其实还有一个 pcr 的包也能简单实现,而且自动计算mRNA相对表达定量,而且对照组定量是1,更加科学,但是表格只是两列CT值,还要重新定义组,所以要先提取一下表格,处理一下数据。
也可以截断,还是 ggbreak