有一个步骤简直太慢了,所以等的时候顺便简单记录一下~
适用于各种甲基化测序(WGBS、RRBS、TBS、芯片等)
上游分析略( 请参考 ),我是用的是 BSMAP + MethylDackel extract 流程,最终得到甲基化bedGraph文件:
第五列:甲基化reads数,第六列:未甲基化reads数。
sourceFolder :含有所有样本CpG.bedGraph文件的文件夹
Normal_B、GDM_B: 两组样本的 ID
因为我的分组有四组,因此还要把这次需要分析的两组给挑出来
下一步的构建对象需要提供包含所有样本甲基化信息的列表,因此使用lapply可方便获得
每个样本的甲基化数据格式为:
N 为 总reads数,X 为甲基化的reads数,因此需要转化一下
WGBS数据需要 smoothing = TRUE ,RRBS等测序方式官方建议也最好加上,虽然对结果影响不大:
如果提供的数据列名不是 chr pos N X 则会报以下错误:
注释结果可直接用于各种分析~
大力感谢: 使用DSS包多种方式检验差异甲基化信号区域