R语言包 dendextend 这个包可以实现,利用 help(package="dendextend") 查看帮助文档,能够看到其中的一个小例子
但是这个后期美化起来好像不太方便。
还找到了一个参考链接是
http://talgalili.github.io/dendextend/articles/dendextend.html
介绍的也是 dendextend 这个包的用法。
这个时候再运行上面提到的例子就可以直接得到结果
把树的形状改为圆形,添加样本的名称
鸢尾花数据集是150个样本,用圆形的图看下效果
最终的结果是
这里关于最外圈文本位置的调整,我还的再仔细看看,这里出图后位置不太合适,我是手动调整的!
现在假设你已经拿到了nwk格式的进化树文件,如下
现在进化树的所有信息都存储在了 tree 这个变量里
用到的的 geom_tiplab()
可以首先加上 theme_tree2() 函数显示出坐标轴范围,然后用 xlim() 函数更改坐标轴范围
这里布局的参数就不一一介绍了,可以参考 https://yulab-smu.top/treedata-book/chapter4.html