R语言安装DESeq2包

Python021

R语言安装DESeq2包,第1张

DESeq2用来处理转录组数据。那么先来完成第一步：安装。

1、传统方式安装

麻蛋，报错了！！！！为什么受伤的总是我。

2、开启查阅资料模式，然后得到的结论是这个包的安装需要利用BiocConductor或者BiocManager。

但是根据网上大神们的分享，尝试了各种方法。报错越来越多，并且越来越看不懂。

最后决定直接进入DESeq2的package官网上看吧。 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html

3、最后按照Bioconductor指示安装，成功。

本文介绍在centos7下通过epel-release源安装R语言，此方法简单粗暴，类似于ubuntu下的sudo apt-get install r-base，值得拥有，具体步骤如下：

1、安装epel-release，执行命令

注意：centos6.4安装完epel-release后，需把/etc/yum.repos.d/epel.repo文件中的所有#baseurl改成baseurl、所有mirrorlist改成#mirrorlist，否则yum不能正常使用。

2、搜索下R-core，执行

结果如下：

3、安装R语言，执行

经过漫长的等待后，如果出现Complete!，表示安装成功，此时在Terminal中敲大写R，回车，出现了熟悉的界面：

好了，可以快乐的玩耍了！

从CRAN( https://cran.r-project.org/ ) 安装第三方包的方法：

从bioconductor( http://www.bioconductor.org/ ) 安装第三方包的方法：

直接从Github( https://github.com/ ) 上直接安装第三方包的方法：