数据准备
函数：legend(location, title, legend, ....)
参数详解：
x和y：用于定位图例，也可用关键词"bottomright", "bottom", "bottomleft", "left", "topleft", "top", "topright", "right" 和 "center"；当图例用关键词设置位置后，inset = 分数，可以设置其相对位置；
legend：指定图例标签，字符或表达式向量；
fill：用特定的颜色进行填充；
col：设置图例中出现的点或线的颜色；
border：当fill = 参数存在的情况下，用于指定填充的边框颜色；
lty, lwd：图例中线的类型与宽度；
pch：点的类型；
angle：阴影的角度；
density：阴影线的密度；
cex：指定图例显示大小；
bg：指定图例的背景色；
bty：指定图例框是否画出，默认o为画出，n为不画出；
box.lty, box.lwd, box.col： 设置图例边框线型，线粗，颜色，box.lty为虚线，box.lwd决定粗线，box.col决定颜色；
pt.bg：图例中点的背景色；
pt.cex：图例中点的大小；
pt.lwd：图例中点边缘的线宽；
x.intersp：图例中文字离图片的水平距离；
y.intersp：图例中文字离图片的垂直距离；
adj：图例中字体的相对位置；
text.width：图例中字体所占的宽度，调整后图例整个宽度也跟着变化了；
text.col：图例字体的颜色；
text.font：图例字体；
merge：逻辑值，merge=TRUE，合并点与线，但不填充图例框，默认为TRUE；
trace：逻辑值，trace=TRUE显示图例信息；
plot：逻辑值，plot=FALSE不画出图例；
ncol：图例中分类的列数；
horiz：逻辑值，horiz=TRUE，水平放置图例；
title：给图例加标题；
xpd：xpd=FALSE，即不允许在作图区域外作图，改为TRUE即可，与par()参数配合使用；
title.col：标题颜色；
title.adj：图例标题的相对位置，0.5为默认，在中间。0最左，1为最右；
seg.len：指定图例中线的线长，长度单位为字符宽度。
1 图例方位
2 修饰图例
3 图例绘制在图外
4 自定义图例
有时候绘制出的图是分组图，这时候需要自定义绘制图例。
参考资料：
《R语言实战》（中文版），人民邮电出版社，2013.
R语言绘制图例(legend)的各种问题_详细综合解析， https://blog.csdn.net/xiangyong58/article/details/54579293
投必得R语言教程，第二讲 R作图-基础-图形参数设置：标题、图例、文字， https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1Mzc3OTIwNg==&mid=2247495531&idx=1&sn=cdd80d4e950ae2b344cf188c68922fa8&chksm=fbef0602cc988f14e93b71bc6fcc2fda782d3ae9a3a67601a6c87756f4ae85bcc5d9c56d9b51&scene=21#wechat_redirect
一幅图解决R语言绘制图例的各种问题， https://blog.csdn.net/weixin_30469895/article/details/96649305
1. barplot函数
>a=matrix(1:18,2)
>a
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9]
[1,] 1 3 5 7 9 11 13 15 17
[2,] 2 4 6 8 10 12 14 16 18
>class(a) #查看a数据类型
[1] "matrix"
注意barplot函数对象要么是向量，要么是矩阵，若不是，则要进行数据数据类型进行转换
>barplot(d) #所有参数默认
>?barplot
常见参数就不赘述了，几个个人认为比较重要参数如下
names.arg----在每个条形图或条形图下绘制的名称向量。 如果省略此参数，那么如果它是向量，则从height的names属性中获取名称；如果它是矩阵，则从列名称中获取名称。
legend.text----数据为矩阵的时候用，如果legend.text为true，则height的行名称非空时将用作标签。
horiz----默认false，为竖直条形图，改为TRUE，为水平条形图
beside---如果为FALSE，则将高度列描绘为堆叠的条，如果为TRUE，则将列描绘为并列的条
space---每根柱子之前留出的空间量（以平均柱子宽度的一部分为单位）。 可以以单个数字或每个小节一个数字的形式给出。 如果height是一个矩阵，并且next为TRUE，则可以用两个数字指定空间，其中第一个是同一组中的条形之间的间隔，第二个是组之间的间隔。 如果未明确给出，则如果height为矩阵，并且next为TRUE，则默认为c（0,1），否则为0.2。
还有很多参数可以通过help()查询
>barplot(a,names.arg = c('1','2','3','4','5','6','7','8','9'),beside = TRUE,horiz = TRUE,col = rep(c('blue','green','gray'),3),legend.text = TRUE)
>barplot(a,names.arg = c('1','2','3','4','5','6','7','8','9'),beside = F,horiz = TRUE,col = rep(c('blue','green'),2),legend.text = TRUE)
>barplot(a,names.arg = c('1','2','3','4','5','6','7','8','9'),beside = F,horiz = F,col = rep(c('blue','green'),2),legend.text = TRUE)
2.ggplot2包
安装加载包
install.package('ggplot2')
library(ggplot2)
#创建矩阵
data<-data.frame(Sample<-c(rep('control1',3),rep('control2',3),rep('control3',3),rep('treat1',3),rep('treat2',3),rep('treat3',3),rep('treat4',3)), contion<-rep(c('Cell','Tissue','Organ'),7), value<-c(503,264,148,299,268,98,363,289,208,108,424,353,1,495,168,152,367,146,48,596,143))
colnames(data)=c('sample',"contion","value")
ggplot(data,mapping = aes(Sample,value,fill=contion))+geom_bar(stat='identity',position='fill') +labs(x = 'Sample',y = 'frequnency') +theme(axis.title =element_text(size = 16),axis.text =element_text(size = 14, color = 'black'))+theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))
#ggplot函数，geom从数据到几何图像，geom_bar为柱状图，geom_line为线型图等，aes形成映射，x轴为sample，y轴为value，堆叠为contion，geom_bar()函数为建立柱状图，stat参数-统计变换，position参数为柱状图形式，position= 'fill'（图形元素堆叠且高度标准化为1），position= 'stack'（图形堆叠图），参数position= 'dodge'（并列数据，非堆叠展示），coord画图在某个坐标系中，facet将绘图窗口分成若干子窗口用来生成数据中不同子集的图形
# labs为标题，theme为设置标题参数，axis.title为轴标题信息，axis.text为轴注释文本，axis.text.x表示设置x轴的信息，还有更多参数详查ggplot2包
ggplot(data,mapping = aes(Sample,value,fill=contion))+geom_bar(stat='identity',position='fill') +labs(x = 'Sample',y = 'frequnency') +theme(axis.title =element_text(size = 16),axis.text =element_text(size = 14, color = 'black'))+theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))+coord_flip() #加的函数可实现水平柱状图展示
ggplot(data,mapping = aes(Sample,value,fill=contion))+geom_bar(stat='identity',position='stack') +labs(x = 'Sample',y = 'frequnency') +theme(axis.title =element_text(size = 16),axis.text =element_text(size = 14, color = 'black'))+theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))
ggplot(data,mapping = aes(Sample,value,fill=contion))+geom_bar(stat='identity',position='dodge') +labs(x = 'Sample',y = 'frequnency') +theme(axis.title =element_text(size = 16),axis.text =element_text(size = 14, color = 'black'))+theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))
