【原创】R语言实战：read counts如何转化为TPM和FPKM, TPM和FPKM相互转化

Python021

【原创】R语言实战：read counts如何转化为TPM和FPKM, TPM和FPKM相互转化,第1张

mycounts<-read.csv("2020武汉加油.csv")

head(mycounts)

rownames(mycounts)<-mycounts[,1]

mycounts<-mycounts[,-1]

head(mycounts)

kb <- mycounts$Length / 1000

kb

countdata <- mycounts[,1:9]

rpk <- countdata / kb

rpk

tpm <- t(t(rpk)/colSums(rpk) * 1000000)

head(tpm)

write.table(tpm,file="2020武汉加油_tpm.xls",sep="\t",quote=F)

fpkm <- t(t(rpk)/colSums(countdata) * 10^6) （之前这里写成了10^9，多谢@不爱说话的生物狗 提醒，现在已经修改）

head(fpkm)

write.table(fpkm,file="2020武汉加油_fpkm.xls",sep="\t",quote=F)

fpkm_to_tpm = t(t(fpkm)/colSums(fpkm))*10^6

head(fpkm_to_tpm)

当然，已知所有基因的FPKM情况下，可以通过上述公式直接在excel里计算相应基因的TPM值。

data <- read.table("./FPKM.txt",sep = '\t',header = T)

p1 <-as.matrix(p_value) 

p2 <-as.vector(p1)#格式转换

 p2

p_adjust <- p.adjust(p2,method = "BH")