R语言手动计算Tajima's D 和 Fst

Python016

R语言手动计算Tajima's D 和 Fst,第1张

原理和公式参考:

暂时还没搞懂怎么计算P值...好像要序列模拟,比较麻烦,后面再思考。或者套个正态分布看离群值?但这样有点武断,而且没有假设检验。

Tajima原文中Tajimas' D和计算机序列模拟的比对结果。因此绝对值大于2应该睡rule of thumb,应该就算显著。

data.frame长的和matrix很像,但是一个matrix只能存储一种类型数据,在一定情况下,matrix和data.frame是可以互相转化的,比如用as.data.frame()函数把一个matrix变成data.frame,或者用data.matrix从一个data.frame提取出matrix。