party包的处理方式:它的背景理论是“条件推断决策树”(conditional inference trees):它根据统计检验来确定自变量和分割点的选择。即先假设所有自变量与因变量均独立。再对它们进行卡方独立检验,检验P值小于阀值的自变量加入模型,相关性最强的自变量作为第一次分割的自变量。自变量选择好后,用置换检验来选择分割点。用party包建立的决策树不需要剪枝,因为阀值就决定了模型的复杂程度。所以如何决定阀值参数是非常重要的(参见ctree_control)。较为流行的做法是取不同的参数值进行交叉检验,选择误差最小的模型参数。
现在假设你已经拿到了nwk格式的进化树文件,如下
现在进化树的所有信息都存储在了 tree 这个变量里
用到的的 geom_tiplab()
可以首先加上 theme_tree2() 函数显示出坐标轴范围,然后用 xlim() 函数更改坐标轴范围
这里布局的参数就不一一介绍了,可以参考 https://yulab-smu.top/treedata-book/chapter4.html