以前很少有包可以完美实现这个功能,我以前写过 R做截断柱状图并加显著性统计 可以实现,但Y叔出手写了个 ggbreak 包,完美的就解决了
其实还有一个 pcr 的包也能简单实现,而且自动计算mRNA相对表达定量,而且对照组定量是1,更加科学,但是表格只是两列CT值,还要重新定义组,所以要先提取一下表格,处理一下数据。
也可以截断,还是 ggbreak
首先准备一个如下的表格,主要有三列,一个分组,一个值,还有一个表型
做柱状图比较简单,加显著性统计也有教程,但对于表达丰度相差较大的图,就会有明显差异,比如说直接出图是这样的,很难比较直观
从结果来看,NC组最大值约1,OE组的最小值大约在20左右,因此可以在1.5-10左右截断,然后先截断一下,然后拼接一下,是不是就好看多了
截图主要是两部分图组成,下部分主要是最小值部分,不包括分组和显著性统计结果,定义为p1,上部分应包括分组和显著性统计结果,定义为p2,然后使用 patchwokr 拼一下,可以平均拼接,也可以按比例拼接
大功告成
然后PS或AI调整一下就行
以鸢尾花数据集为例,展示如何在R上绘制出显著度和p-value。
分析得到,该数据集总共有5个变量,
对分类变量的水平进行查看,得到其总共由3个水平组成:
选择 Sepal.Length ,进行setosa、versicolor、virginica 3者之间的显著性检验。
结果图1:
结果图2(将p-value改为显著度标识):