proguard4.8工具，说是支持war的，可混淆过后少了classes目录了，自然成功不了。网上搜的过程不详说了，最后找着－－“J2EE-web工程ProGuard代码混淆07_28”，网址：http://wenku.baidu.com/link?url=CxToEqg5QWbz2_SYIxqJkpnsjOLf9K6BzJcCfVfmBB3TEvaRzFb4CRPKkZDz1K35s0XH2u6bdIJ2WfrE791v--cVqaImGKnLLLTO45u6uD_
根据提示一步步完成。
把web项目打成jar包后用proguard进行混淆，然后把混淆过后的class目录替换发布包war中的对应目录，启动运行是正常的。
主要注意利用proguard生成xxx.pro文件，然后手动加工-keep class WebRoot.WEB-INFO.lib.* 等项目中不需要混淆的包和类。
二、java web项目打成.exe
没找到免费的，这搜到个收费的－－Jinstall，试了下功能挺好，
可以加密、集成jdk、tomcat，如果数据库是mysql也集成，其他数据库的话要设置数据库的url.
混淆代码 是为了防止class文件被反编译用的 但是程序的功能还是正常的 和你正常运行一样如果连变量名都混淆了，就是说所有有具体意义的英文变量名都用a,b,c,x,y等等来表示，那这是不可能还原的，因为电脑也不可能知道你这个a实际上代表了你的年龄而那个c代表了你老婆的胸围！
但如果只是个事混淆，那网上倒有不少工具可以格式化源代码！自己搜一搜吧！推荐一款编辑器，IntelliJ，很不错，值得一提的是，我用过的众多编辑器中，这款编辑器的代码格式化功能最强大！
不需要对源代码混淆。class有这种功能的，在J2ME中混淆是必须的，结果跟你说的一样，不过原理不是你那么走的，混淆以后的class反编译也会让人看不懂，全部变成了a,b,c,d这样的名字。
