使用R语言对SSR数据做主成分分析(PCA)的一个简单小例子

Python097

使用R语言对SSR数据做主成分分析(PCA)的一个简单小例子,第1张

示例数据来自于R语言包 poppr ,csv文件存储,数据格式如下

使用到的是R语言的 poppr 包中的 read.genalex() 函数

poppr 第一次使用需要先安装

读入数据

读入数据直接是 genclone object,使用函数 genclone2genind() 将其转换成genind object,接下来使用 ade4 包中的 dudi.pca() 函数做主成分分析

主成分的结果存储在li中

还是认为的分个组,然后做散点图

明天的推文再继续这部分内容吧!

cor()函数可以提供双变量之间的相关系数,还可以用scatterplotMatrix()函数生成散点图矩阵

不过R语言没有直接给出偏相关的函数;

我们要是做的话,要先调用cor.test()对变量进行Pearson相关性分析,

得到简单相关系数,然后做t检验,判断显著性。

方法/步骤

1、首先,先教大家如何使用SPSS多元线性回归分析

2、接下来是范例说明:

此案例是希望找到与营收相关的多元回归式

原先加入参数有:5个

调整後回归R方:0.888 / 显着性:皆小於0.05

看起来相当拟合,无任何差错

3、可依个人需求,勾选需要参考的指标

若是没有勾选,只会出现既定标准的指标

在此需加入 Statistisc中的 "共线性诊断"

4、排除共线性强因子,可用偏相关查看是否确实应该排除

主要是看 VIF值是否大於2 (大於2,表示共线性极强需改善)

否则会有交互作用

5、最後模型拟合程度,可在excel中

做主次座标清楚检视