本系列课程要求大家有一定的R语言基础，对于完全零基础的同学，建议去听一下师兄的《生信必备技巧之——R语言基础教程》。本课程将从最基本的绘图开始讲解，深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等。
本次课程所用的配套书籍是： 《R Graphic Cookbooks》
除了以上的基本图形外，师兄还会给大家讲解箱线图、提琴图、热图、火山图、气泡图、桑基图、PCA图等各种常用的生信图形的绘制，还不赶紧加入收藏夹，跟着师兄慢慢学起来吧！
柱状图可能是最常用的一种数据可视化。它们通常用于显示数值(在y轴上)，用于显示不同类别的数值(在x轴上)。例如，柱状图可以用来显示四种不同商品的价格。柱状图通常不适合显示一段时间内的价格，因为时间是一个连续的变量。
在制作柱状图时，您应该注意一个重要的区别:柱状图的高度有时表示数据集中的案例数，有时表示数据集中的值。记住这一区别——这可能会引起混淆，因为它们与数据的关系非常不同，但两者使用相同的术语。
拓展： position参数： 此处的position主要是指对图像的微调，最常见的应用是在分组的柱形图（bar）中，因为分组的柱形图会产生组内堆积和不堆积两种主要效果。
rm(list=ls())##清除之前数据
library(rms) ###加载rms包#
library(foreign)
library(survival)
library(rmda)
##install.packages("DynNom")
library(DynNom)
setwd("C://Users//zhanglingyu//Desktop//测试") #设置工作目录
rt<- read.table('测试.txt',header=T,sep="\t")
head(rt) #查看前5行的数据
str(rt)
##接着对所有变量数据进行打包
ddist <- datadist(rt) #将数据打包
options(datadist='ddist')
model1<- lrm(rt$fustat ~ Age+Gender+Tau+EMPG+Glu+HCY+VB12+ALB, data = rt)
summary(model1)
par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(2,2,2,2)) ##设置画布
nomogram <- nomogram(model1,fun=function(x)1/(1+exp(-x)), ##逻辑回归计算公式
fun.at = c(0.001,0.01,0.05,seq(0.1,0.9,by=0.1),0.95,0.99,0.999),#风险轴刻度
funlabel = "Risk of Alzheimer Disease", #风险轴便签
lp=T, ##是否显示系数轴
conf.int = F, ##每个得分的置信度区间，用横线表示,横线越长置信度越
abbrev = F#是否用简称代表因子变量
)
plot(nomogram,
#1.变量与图形的占比
xfrac=.35,
#2.变量字体加粗
cex.var=1,
#3.数轴：字体的大小
cex.axis=0.8,
#4.数轴：刻度的长度
tcl=-0.5,
#5.数轴：文字与刻度的距离
lmgp=0.3,
#6.数轴：刻度下的文字，1=连续显示，2=隔一个显示一个
label.every=1,
#7.1个页面有几个数轴(这个可以压缩行间距)
naxes=13,
#8.垂直线的颜色.
col.grid=gray(c(0.8, 0.95)),
#9.线性预测轴名字
lplabel="Linear Predictorlp",
#10变量分数名字
points.label='Points',
#11总分名字
total.points.label='Total Points',
force.label=F#没啥用TRUE强制标记的每个刻度线都绘制标签，我也没研究明白
)
#运行以展示Nomogram每个变量的分数
model1
##生成改良诺模图
plot(nomogram,col.grid = c("Tomato2","DodgerBlue"))
1、启动WPS表格2013，先设定abc的值，也就是二次函数的三个系数。2、我们知道，a是不能为0的，所以，有必要设置数据有效性，设为不允许为0。
3、下面要制作函数表达式了，平方号我们可以在特殊符号中选择。
4、为了制作一个随机的图，我们要用到公式代码，这样给出不同的abc值，得到的曲线也不同。所以函数表达式可以这样写：="y="&IF(E3=1,"x²",E3&"x²")&IF(F3<0,F3&"x",IF(F3=0,"",IF(F3=1,"+x","+"&F3&"x")))&IF(G3<0,G3,IF(G3=0,"","+"&G3))，我们知道二次函数的对称轴的公式是 x=-b/2a，所以我们可以在B3单元格输入公式：=ROUND($F$3/(-2*$E$3)-13+ROW(),0)，填充，然后在C3输入=$E$3*B3^2+$F$3*B3+$G$3，如下图所示：
5、数据生成完毕，下面是生成图表了，选择XY散点图，类型选为无数据点平滑线散点图。
6、源数据的设置，切换到数据区域选项卡，单击数据区域后的选项，给出数据区域。
7、图表基本已经生成完毕，我们稍微美化一下，改变曲线颜色.
