R中的统计分析通过使用许多内置函数来执行。 这些函数大多数是R基础包的一部分。 这些函数将R向量作为输入和参数，并给出结果。
模式是一组数据中出现次数最多的值。 Unike平均值和中位数，模式可以同时包含数字和字符数据。
R语言没有标准的内置函数来计算模式。 因此，我们创建一个用户函数来计算R语言中的数据集的模式。该函数将向量作为输入，并将模式值作为输出。
R语言-统计学 描述性统计描述定量数据的数值方法：中心趋势度量 变异的度量 相对位置的度量。
1.中心趋势度量 ： 算数平均 中位数 众数
1.1 在R中计算平均数的函数 mean( )常规的mean() 函数用法mean(x, trim = 0, na.rm = FALSE, ...) 参数说明： x 对象名称trim 过滤掉异常值 ，按照距离平均值的远近距离排除，如对象中含有10个数据，排除最高和最低值，trim=0.2na.rm 默认为F 表示是否计入空值实例1： 做一个稍微复杂点的操作，用r做数据透视表并把结果转换为matrix ，对行列求和。(仅娱乐，无实用价值)
demo <- mtcars[1:6,] # 调用R自带函数集，并去前6行
toushi <- aggregate(mtcars[,5:6] ,by = list(cyl = mtcars$cyl),sum) # 数据透视表求和
toushi <- as.matrix(toushi) # 将结果的数据框转化成矩阵
#(toushi <- apply(toushi,c(1,2),sum))
(rowSums(toushi)) # 行求和
(colSums(toushi)) # 列求和
toushi <- rbind(toushi,rowSums(toushi)) #将行求和结果并入最后一行
toushi <- cbind(toushi,colSums(toushi)) #将列求和结果并入最后一列
1.2 中位数和众数
对于偏度极大的数据集，中位数能更好的描述数据分布的中心。
很少用众数作为数据数据趋势的度量，只有当对y出现的相对频率感兴趣时，才会考虑到众数。
R实现中位数 ：
median(x, na.rm = FALSE)
R中没有直接插找众数的命令
which.max(table(x))
2.变异的度量 ： 极差 方差 标准差
2.1 .极差 = max（）- min（）
2.2 方差和标准差
对一个有n个测量值的有限总体来说，方差计算公式的分母为n。关于样本方差和总体方差分母的差异原因，可自行百度搜索。
R语言计算方差的函数： var(x,)
w<-c(75.0,64.0,47.4,66.9,62.2,62.2,58.7,63,5,66.6,64.0,57.0,69.0,56.9,50.0,72.0)
var(w)
# 附加指数点：标准差的两个有用法则：经验法则 和 切比雪夫法则，共同说明一个问题，对于任意大于1的正数k，至少有（1-1/k^2）的测试值落在平均值的k个标准值范围内。
3.变异的度量 ： 百分位数 Z得分
3.1 .最常见的四分位数（一般从大到小）
quantile(x, probs = seq(0, 1, 0.25), na.rm = FALSE,names = TRUE, type = 7, ...)
R语言与统计-1：t检验与秩和检验
方差分析适用于多组均数的比较 （在完全随机设计的实验中，两组均数的t检验和方差分析是完全等价的。但t检验只能用于两组的均数比较，对于三组和三组以上的均数比较，就需要用到方差分析。）
可以看到这个数据集只有两个变量，其中治疗是分类变量（因子型），有5个水平。response是数值型变量。要对每种治疗所对应的response的均值进行比较，就只能用方差分析而不能用t检验。
符合正态分布
要比较均值的数据写～左边，分组变量写右边。p=0.9653，方差齐。
写法同上，方差齐。
需要注意的是，如果检验出方差不齐，我们第一步不是立马选择进行非参数检验，而是首先要判断有无异常值存在，因为异常值对方差的影响很大。当然，到这一步才来检验有无异常值是不符合数据分析的流程的，异常值在进行数据初步处理的时候就因该被发现和处理掉。
方差分析包括 单因素方差分析 ， 多因素方差分析 ， 协方差分析 ， 多元方差分析 ， 重复测量数据方差分析 。
gplots包的plotmeans函数 对上述结果进行可视化
使用ToothGrowth数据集进行演示
aov函数
不考虑supp和dose之间的交互作用的情况。结果显示两个因素都对小鼠牙齿生长影响显著。
考虑两个因素之间的交互作用：将上面的+换成*。结果显示两个因素都对小鼠牙齿生长影响显著而且两者间的互相影响也不容忽视。
可视化
上述结果已经知道了再五组数据中的均值不全相等，下一步想知道哪些相等哪些不等，就要对这五组进行两两比较。
输出的结果：从左往右依次是：两两比较、两两间的差值、lwr是95%可信线的下限，upr是上限。最后是p值。
将结果可视化：
线段中点是均值，两端是95%置信区间，跨过0说明没有显著差异。
在进行方差分析时，所有混杂因素统称为 协变量 。
检验dose对weight的影响。出生时间gesttime是协变量。
aov后面小括号里写的顺序：结果变量～协变量+自变量。如果要看协变量和自变量之间是否存在交互，在后面写+协变量：自变量。最后是data=数据集。
结果显示两个变量之间不存在交互效应(p=0.17889, >0.05)，可以认为它们的斜率是相同的。
因变量不止一个，但是需要将它们作为一个整体同时进行分析。例如：某种药物对患者血红蛋白浓度，红细胞计数，外周血细胞因子水平等多种因素的影响。
使用 manovs()函数 进行性多元方差分析
参考： https://blog.csdn.net/dingming001/article/details/72822270
