method 1
1.创建file.R文件
2.文件首行
#!/path/to/Rscript
3.在下面的行中键入R代码
4.保存(如果有png(),jpeg()等函数代码最后一定要dev.off())
5.在file.R的工作目录下,在终端中输入以下命令
R CMD BATCH --args file.R
method 2
1.创建R脚本
2.文件首行
#!/usr/bin/env Rscript
3.终端输入以下命令
R CMD BATCH --args file.R
或者 Rscript file.R
chmod 755 file.R
./file.R
method 3
1.在file.sh文件中键入:
#!/bin/sh
R --slave [other option]<<EOF
R 代码
EOF
chmod 755 file.sh
./file.sh
method 4
回归R环境
>source("/homeR/file.R")
新建方法
1.进入Rsudio界面就选择打开file-New Project-New Directory-New Project-设置名称,保存文件夹
2..建立一个文件夹,复制之前的.Rproj,修改自己想要的名字,进入Rsudio界面就选择打开file-open Project,选择刚刚新建的.Rproj
最最重点是后面所有文件读取,需要读取的文件放到工作目录,再用需要的函数可以直接读取,默认为工作目录下操作,我要用ReadAffy读取CEL文件,就把CEL文件放入我的工作目录,然后直接读取就可以了,见下图
4.脚本、数据、图片的默认保存位置,也是文件读取的默认位置—工作目录
最后谢谢曾老师和小洁老师耐心指导,菜鸟上线,很容易一学就忘,但是不要紧,办法总比困难多!
k <- list()
for(i in 1:1000)
{
k[[i]] <- nn2()
}
newdata=c() #1
for(i in 1:1000)
{
#方法一:三次样条法
library(splines)
m1 <- lm(h~bs(a,df=3),data=k[[i]])
#预测百分位数值
new <- data.frame(a=7:20)
cs.p <- predict(m1, new)
#均方差
mse.cs <- sum( (st$p50-cs.p)^2 )/14
#最大范数误差
mne.cs <- max(abs(st$p50-cs.p))
newdata<-rbind(newdata,mse.cs) #2
print(newdata) #3
}
aa<-mean(newdata) #4
新建newdata来保存循环的结果,以便对循环的结果进行后续操作比如求均值并保存在aa中