前几天，老师让我画一个这样的图。
粗略一看，似乎没有什么特别困难的地方，好像之前也看到过类似的图，但是看到老师发来的链接才发现这居然是Nature出版期刊（ Horticulture Research ）的配图。 volume ）上的配图！
该配图一共由三个图组成， 不同染色体的 SNP-index [2] 对其位置作整图 、 单一染色体的SNP-index对其位置作细节图 以及 对应的基因结构图 。
a、b两图也差不多，都是由 散点图 和 线图 构成。
细节图即是突出显示某一条染色体上的具体情况，以2号染色体为例，与上图的绘制方法基本一致，但是需要取消分面。
前面通过eoffice包将图导入ppt中，再制作基因结构图，便大功告成！
linux服务器都装不上，净是问题，在自己win10的电脑上装的很是顺利！>BiocManager::install("RIdeogram")
数据导入 → ideogram画图，输出svg文件 → convertSVG将svg转为png
想要查看所需要的不同文件的格式，可以打开R安装目录中 D:\R\library\RIdeogram\doc\RIdeogram.R 文件，并运行一下，既可以看到不同文件的格式。
convertSVG中参数 file 用来赋值输出文件，但赋值后会自动在前面加上Documents的路径，导致报错。
因此只能放弃设置 file 参数，输出文件后去 C:\Users\Username\Documents\ 下找新生成的名为 chromosome.png 的文件。
所以选用这种方式反而更好些，用setwd(dir)设置一下工作路径
衷心感谢曹锴师兄的指导以及谢文召师兄的脚本。
对了，客官若觉得有点用就请给点个赞赞呗，Thanks!
主要的文件类型（必须的），至少为三列，第一列为群组，第二列为位置，第三列为标记名称，同样你也可以在第四列加上颜色的标签
这个是你要在染色体之间划线的文件（非必须），分为四列，第一列为划线开始的群组，第二列为开始群组中标记的名称，第三列为划线结束的群组，第四列为结束群组中标记的名称
这个文件是要对一些标记进行特殊的处理（非必须），如加颜色，斜体等，这个文件时list，标记的名称为必须的，颜色，标签和字体是非必须的
这个好像是在图中标记出你的qtl的，是个data.fram
这个没有用过
上面提到的这些文件格式，都可以自己先创建好，然后倒入到R中去
autoconnadj ：染色体中名字一样的标记是否使用线连接起来，默认是TRUE
posonleft ：正常的图中（默认是TRUE），位置是在染色体的左边的，如果改为FALSE,就会把位置画在右边，同样，标记的名称在另一边
revthese ：后面接的是群组的名称，这个参数可以把这个群组的顺序倒过来
ruler ：默认是FALSE，如果改为TRUE，那么图中就不会标出位置的信息
showonly ：只显示这些标记的名称
dupnbr ：当一个位置的标记比较多时，将默认参数FALSE改为TRUE，可以只显示一个标记的名称
还有好多参数，那些参数大多是对图形的一些修改，以及对pdf的修改
################现在开始练习#######################
